สามารถเดินทางอากาศยานมาลงที่ท่าอากาศยานนานาชาติมักตัน–เซบู ซึ่งตั้งอยู่ที่นครลาปู-ลาปู มีเที่ยวบินไปยังต่างประเทศโดยตรง อาทิ ฮ่องกง มาเลเซีย สิงคโปร์ ญี่ปุ่น จีน ไต้หวัน ดูไบ เกาหลีใต้ และรัสเซีย[18][19] นอกจากนี้ยังสามารถเดินทางไปยังจุดหมายในทวีปอื่น ๆ โดยการเปลี่ยนเครื่องบินที่ท่าอากาศยานนานาชาตินินอย อากีโน ส่วนการขนส่งทางทะเล ท่าเรือเซบูซึ่งให้บริการโดยการท่าเรือเซบู มีเรือเดินทางมาที่นี่ประมาณ 80% ของประเทศ และมีเส้นทางเรือให้บริการไปยังวิซายัสและมินดาเนา[13]

การขนส่งภายในตัวนคร ได้แก่ รถจี๊ปนีย์ รถโดยสารประจำทาง รถแท็กซี่ และมีโครงการรถโดยสารประจำทางด่วนพิเศษตั้งแต่ปี ค.ศ. 2012[20][21] โครงการนี้คาดว่าจะมีผู้โดยสาร 330,000 คนต่อวัน และจะมีรถโดยสารให้บริการ 176 คัน จำนวนสถานีทั้งหมด 33 สถานี[22][23] โครงการนี้มีชื่อว่า ทรานส์เซบู และถูกตั้งเป้าให้เปิดใช้งานภายในปี ค.ศ. 2017[24] แต่ปัจจุบันโครงการนี้ล่าช้ากว่ากำหนดประมาณสองปี และค่าใช้จ่ายโครงการเพิ่มสูงถึง 180 ล้านดอลลาร์สหรัฐ[25]