นที ขลิบทอง เกิดเมื่อวันที่ 9 ธันวาคม พ.ศ. 2501 ที่กรุงเทพมหานคร เป็นบุตรของนายประเสริฐ กับนางวิไล ขลิบทอง สำเร็จการศึกษาชั้นมัธยมจากโรงเรียนสวนกุหลาบวิทยาลัย ระดับปริญญาตรีสาขาศึกษาศาสตร์ (การเกษตร) จากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ และปริญญาโทวิทยาศาสตรมหาบัณฑิต (เกษตรศาสตร์) จากมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ในปี พ.ศ. 2524 นอกจากนั้นแล้วยังผ่านการศึกษาอบรมหลักสูตรประกาศนียบัตรกฎหมายมหาชน จากมหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อปี พ.ศ. 2546