นักประวัติศาสตร์มีความเห็นว่า โยเกิร์ตเป็นอาหารที่รวมอยู่ในโภชนาการของชนเผ่าทราเซียน อันเป็นบรรพบุรุษเก่าแก่ที่สุดของชาวบัลแกเรีย ชาวทราเซียนเก่งในการเลี้ยงแกะ คำว่า yog ในภาษาทราเซียน แปลว่า หนาหรือข้น ส่วน urt แปลว่า น้ำนม คำ yoghurt น่าจะได้มาจากการสมาสของคำทั้งสองข้างต้น ในยุคโบราณราวศตวรรษที่ 4 ถึง 6 ก่อนคริสตกาล ชาวทราเซียนมีวิธีการเก็บรักษาน้ำนมไว้ในถุงที่ทำจากหนังแกะ เวลาเดินทางก็เอาถุงนี้คาดเอวไว้ ความอบอุ่นจากร่างกายร่วมกับจุลชีพที่มีอยู่ในหนังแกะ ช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการหมักขึ้น น้ำนมในถุงก็กลายสภาพเป็นโยเกิร์ตไป

นักวิทยาศาสตร์บางคนสันนิษฐานว่า สิ่งที่มีมาก่อนโยเกิร์ตน่าจะเป็นน้ำนมหมักที่ใช้ดื่ม เรียกว่า คูมิส (Kumis) น้ำนมชนิดนี้ทำมาจากน้ำนมม้า โดยชนเผ่าที่มาอยู่ก่อนหน้าชาวบัลแกเรีย เช่น ชนเผ่าที่เร่ร่อนที่อพยพย้ายถิ่นฐานจากทวีปเอเชียมายังคาบสมุทรบอลข่าน ในปี ค.ศ. 681

ในยุโรปตะวันตก โยเกิร์ตปรากฏขึ้นเป็นครั้งแรกในศตวรรษที่ 16 ในราชสำนักของพระเจ้าฟร็องซัวที่ 1 แห่งฝรั่งเศส ครั้งนั้นกษัตริย์พระองค์นี้ประชวร มีพระอาการปั่นป่วนในท้อง แพทย์ชาวตุรกีผู้หนึ่งจึงทำการรักษาโดยให้เสวยโยเกิร์ตที่นำมาจากบัลแกเรีย เรื่องนี้ศาสตราจารย์คริสโต โชมาคอฟ รายงานไว้ในหนังสือ Bulgarian Yoghurt-Health and Longevity