ดร.นฤพนธ์ จบการศึกษาระดับมัธยมศึกษา จากโรงเรียนมงฟอร์ตวิทยาลัย จังหวัดเชียงใหม่ และเข้าศึกษาต่อที่คณะสถาปัตยกรรมศาสตร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย หลังจากนั้น ได้รับทุนรัฐบาลออสเตรีย ไปศึกษาต่อในระดับปริญญาโท สาขาสถาปัตยกรรม (Master of Architecture) ที่มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีแห่งเวียนนา (Vienna University of Technology) ประเทศออสเตรีย และปริญญาเอก สาขาการผังเมือง จากมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีแห่งเวียนนาเช่นกัน