นัตโตเป็นอาหารที่อุดมไปด้วยโปรตีน โปรไบโอติกส์ วิตามินบี 12 และสารต้านอนุมูลอิสระ มีคุณสมบัติช่วยลดระดับคอเลสเตอรอล ป้องกันโรคหัวใจ และลดโอกาสเส้นเลือดในสมองแตกได้

ถั่วเหลืองหมักรวมทั้งนัตโตมี vitamin PQQ ซึ่งจำเป็นสำหรับผิวหนัง[2] โดย PQQ ในเนื้อเยื่อของมนุษย์ส่วนใหญ่ได้มาจากอาหาร นอกจากนั้นยังมี polyamine ซึ่งกดปฏิกิริยาของภูมิคุ้มกันที่มากเกินไป โดยนัตโตมีมากกว่าอาหารอื่น ๆ[3]

นัตโตมีสารเคมีที่มีฤทธิ์ป้องกันมะเร็งหลายชนิด เช่น daidzein, genistein, isoflavone, phytoestrogen และธาตุอาหาร เช่น ซีลีเนียม ซึ่ง ส่วนใหญ่สารเหล่านี้ พบในผลิตภัณฑ์จากถั่วเหลืองหมักอื่นๆด้วย และการออกฤทธิ์ยังไม่ชัดเจน มีรายงานว่านัตโตมีผลทำให้คอเลสเทอรอลลดระดับลงเช่นกัน[4]

ในกองทัพเรือญี่ปุ่น ใช้นัตโตเป็นยาป้องกันโรคบิคในช่วงก่อนสงครามโลกครั้งที่ 2[5] บางครั้งใช้เป็นอาหารสัตว์เลี้ยงด้วย[6]