นาจาเทพจอมอิทธิฤทธิ์ เป็นเรื่องราวของ นาจาที่เป็นเพราะชาติที่แล้วถูก หลี่จิ้ง ขุนนางราชวงศ์ซาง ใช้ธนูยิงนาจาจนถึงเสียชีวิต มาในชาตินี้จึงเกิดเป็นมนุษย์และเป็นลูกชายคนที่สามของหลี่จิ้ง เรื่องราวในอดีตมาในชาตินี้ก็ยังคงชัดเจนไม่มีวันเลือนลาง นาจาและหลี่จิ้งพ่อลูกจึงเป็นไม้เบื่อไม้เมากันมาโดยตลอด หลี่จิ้งเกลียดชังและอคติต่อนาจาเป็นอันมาก ดังนั้นจึงหาข้ออ้างที่จะขับไล่ นาจา ไปให้พ้นตัวโดยไม่ได้สนใจกับชีวิตความเป็นอยู่ของนาจาแต่อย่างใด

นาจาถูกคนชุบเลี้ยงจนเติบใหญ่ นาจาอายุได้สิบขวบก็สำเร็จวิชาอาคมชั้นสูง ต่อมานาจาได้พบกับพ่อแม่บังเกิดเกล้าอีกครั้ง สามครั้งด้วยกันที่นาจาไม่ยอมรับผู้เป็นพ่อแม่ ไม่เพียงเท่านั้นนาจายังถลกหนังของตนคืนให้กับพ่อแม่บังเกิดเกล้าอีกด้วย ถึงแม้ว่านาจาจะฟื้นคืนชีพได้ก็ตาม แต่ว่านาจาต้องอาศัยอยู่ในรูปปั้นที่เหมือนจริงซึ่งทำจากดอกบัว ในเวลาเดียวกัน โจ้วอ๋อง ไม่สนใจบริหารกิจการบ้านเมือง วันๆมัวเมาลุ่มหลงอยู่กับ นางซูตั้นจี จนบ้านเมืองระส่ำระสาย นาจาถูกแม่และเพื่อนรักขอร้องให้ช่วยเหลือชาวบ้าน นาจาตัดสินใจยืนหยัดที่จะโค่นล้มโจ้วอ๋อง ตานจี้