เรื่องราวในภาคนี้คือ ทีม 7 ซึ่งประกอบด้วย เนจิ (หัวหน้าทีม), ลี (มาแทนซาสึเกะ), ซากุระ และนารูโตะ ต้องออกเดินทางไปคุ้มกันมิโกะสาวชื่อชิออน เพื่อพาไปปิดผนึกปิศาจโมเรียวที่ฟื้นคืนชีพขึ้นมา และชิออนยังได้ทำนายไว้ว่า นารูโตะ จะต้องตายจากการที่เอาชีวิตมาปกป้องตนเนื่องจากถูกโมเรียวฆ่าเมื่อนารูโตะรู้จึงคิดที่จะเปลี่ยนชะตากรรมตัวเอง แล้วนารูโตะก็ได้ปกป้องชิออนจนสำเร็จ ซึ่งแท้ที่จริงแล้ว ภาพที่ชิออนเห็นว่านารูโตะจะตอนนั้นเป็นเพียงร่างแยกของนารูโตะ