รองศาสตราจารย์ ดร.นำยุทธ สงค์ธนาพิทักษ์ เริ่มรับราชการเป็นอาจารย์ประจำแผนกอิเล็กทรอนิกส์ วิทยาลัยเทคนิคภาคพายัพ จังหวัดเชียงใหม่ และได้รับการแต่งตั้งให้เจริญก้าวหน้าในหน้าที่การงานเรื่อยมา จนดำรงตำแหน่งสำคัญๆ หลายตำแหน่งอาทิ รองคณบดี ผู้อำนวยการสถานีวิทยุราชมงคล รองอธิการบดี และอธิการบดี

รองศาสตราจารย์ ดร.นำยุทธ สงค์ธนาพิทักษ์ ได้รับการแต่งตั้งให้ดำรงตำแหน่งทั้งในสถาบัน และภายนอกสถาบันหลายตำแหน่ง อาทิ

• อธิการบดีมหาวิทยาเทคโนโลยีราชมงคลธัญบุรี (2 สมัย)[2]
• ประธานคณะกรรมการอธิการบดีมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคล
• นายกสมาคมการศึกษาแห่งประเทศไทย
• คณะกรรมการการอุดมศึกษา
• กรรมการสภามหาวิทยาลัยเทคโนโลยีราชมงคลล้านนา
• อธิการบดีสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล (พ.ศ. 2543 - พ.ศ. 2548)[3]
• รองอธิการบดีสถาบันเทคโนโลยีราชมงคล