นิธิ ได้เข้ามารับหน้าที่เป็นคณะกรรมการปฏิรูปประเทศ ภายหลังการชุมนุมของกลุ่มคนเสื้อแดง พ.ศ. 2553 ยุติลง ในช่วงเดือนกรกฎาคม พ.ศ. 2553 โดยทำหน้าที่ยกร่างแผนปฏิบัติการที่สามารถนำไปปฏิบัติแก้ไขปัญหาความอยุติธรรมและความเหลื่อมล้ำที่เกิดขึ้น ซึ่งคณะกรรมการดังกล่าวประกอบด้วยคณะกรรมการ จำนวน 19 คน ทำงานคู่ขนานไปกับคณะกรรมการสมัชชาปฏิรูปประเทศ [2]