นินจาครูเซเดอส์เป็นเกมแอ็กชันแบบเลื่อนด้านข้างที่สามารถเล่นได้โดยผู้เล่นสูงสุดสองคนพร้อมกัน เกมนี้มีอาวุธสี่อย่างที่ผู้เล่นสามารถหยิบและใช้ได้ในระหว่างเกม ได้แก่ ดาวกระจาย, คูซาริงามะ, โบ และดาบ อาวุธแต่ละชนิดมีรูปแบบที่เป็นเอกลักษณ์และความสามารถในการแปลงร่าง ดาวกระจายให้ความสามารถในการแปลงร่างเป็นเสือ ซึ่งเร็วที่สุดและกระโดดได้สูงสุด แต่มีระยะโจมตีสั้นที่สุด;[3] คูซาริงามะให้ความสามารถในการแปลงร่างเป็นแมงป่องทะเล ซึ่งสามารถว่ายน้ำได้ดีกว่าร่างอื่น ๆ แต่เคลื่อนที่ได้ช้ามากบนบก;[3] โบให้ความสามารถในการแปลงร่างเป็นเหยี่ยว ซึ่งมีความสามารถในการบินเหนือทุกสิ่ง แต่ไม่สามารถโจมตีได้เลย;[3] และสุดท้ายคือดาบที่ให้ความสามารถในการแปลงร่างเป็นมังกร ซึ่งสามารถบินได้อยู่ยงคงกระพัน และสังหารทุกอย่างในการโจมตีครั้งเดียว แต่ผู้เล่นสามารถใช้ความสามารถนี้ได้เพียงครั้งเดียวและในระยะเวลาที่จำกัดเท่านั้น ส่วนดาบเองก็ไม่ค่อยปรากฏในเกม[3]