มิตซึบะ เคนอิจิ นักเรียนมัธยมวัย 11 ปี มีนิสัยดื้อรั้น เกียจคร้าน ทั้งยังมีผลการเรียนที่ไม่น่าพึงใจสร้างความปวดหัวแก่ผู้ปกครองและครูประจำชั้นเป็นอันมาก ช่วงเวลานั้นได้มีนินจาสำนักอิงะนามว่าฮาโตริ คันโซ ขอเข้ามาพำนัก ณ บ้านของครอบครัวมิตซึบะเพื่อฝึกฝนวิชานินจาในเมืองใหญ่[3] ซึ่งฮาโตริจะคอยช่วยเหลือและแก้ปัญหาเฉพาะหน้าต่าง ๆ ที่เคนอิจิก่อขึ้นอยู่เสมอ ๆ ต่อมาไม่นานนักฮาโตริ ชินโซ น้องชายของฮาโตริ ชินโซ[4] และชิชิมารุ สุนัขนินจาจากสำนักอิงะ[5]ได้เข้ามาอยู่ร่วมบ้านมิตสึบะเพื่อช่วยเหลือฮาโตริ คันโซในการดูแลเคนอิจิที่มักก่อปัญหาวุ่นวายในฐานะกัลยาณมิตร โดยเฉพาะช่วยเหลือเคนอิจิในการสานสัมพันธ์กับยูเมะโกะ เพื่อนนักเรียนที่เคนอิจิหลงรัก[6]

ตามท้องเรื่องจะมีเคมุมากิ[7] และคาเงะชิโยะ[8] นินจาและแมวนินจาจากสำนักโคงะ[9]คอยกลั่นแกล้งและสร้างปัญหาแค่เคนอิจิอยู่เสมอ เมื่อเคนอิจิไปฟ้องฮาโตริ ฮาโตริก็จะหาวิธีการแก้แค้นตามความปรารถนาของเคนอิจิในแทบทุกตอน และบางครั้งเคนอิจิก็ถูกเคมุมากิยุแยงให้ทะเลาะกับฮาโตริเสียเอง ในตอนจบของเรื่อง ฮาโตริก็ออกจากบ้านมิตซึบะเพื่อไปฝึกฝนวิชาต่อไป