นิราศภูเขาทองเริ่มต้นเล่าการเดินทางทางเรือจากวัดราชบุรณะ กรุงเทพมหานคร จุดหมายปลายทางคือพระเจดีย์ภูเขาทองที่กรุงเก่า

สถานที่ที่เดินทางผ่านคือ พระบรมมหาราชวัง, วัดประโคนปัก, โรงเหล้า, บางจาก, บางพลู, บางพลัด, บางโพ, บ้านญวน, วัดเขมา, ตลาดแก้ว, ตลาดขวัญ, บางธรณี, เกาะเกร็ด, บางพูด, บ้านใหม่, บางเดื่อ, บางหลวง, สามโคก, บ้านงิ้ว เมื่อเข้าเขตพระนครศรีอยุธยา ผ่านหน้าจวนเจ้าเมือง, วัดหน้าพระเมรุ แล้วจึงเดินทางถึงเจดีย์ภูเขาทอง

ส่วนขากลับ กล่าวถึงวัดอรุณราชวรารามเท่านั้น ระหว่างการเดินทาง เมื่อกวีพบเห็นสิ่งใดที่น่าสนใจหรือสอดคล้องกับความคิดที่ต้องการเสนอก็จะนำมากล่าวไว้