นิโนมิยะเป็นที่ตั้งของศาลเจ้าคาวาวะ ซึ่งมีศักดิ์สูงเป็นอันดับสองในแคว้นซางามิ ซึ่งมีการกล่าวถึงในบันทึกยุคเฮอัง และอ้างว่าได้รับการสถาปนาโดยจักรพรรดิซูอินิง นิโนมิยะในฐานะที่เป็นชุมชนเล็ก ๆ ริมชายฝั่ง ได้อยู่ภายใต้การควบคุมของตระกูลโฮโจยุคหลังแห่งโอดาวาระในยุคเซ็งโงกุ ในยุคเอโดะ นิโนมิยะเป็นส่วนหนึ่งของแคว้นศักดินาโอโดวาระ

หลังจากการฟื้นฟูเมจิและการจัดตั้งระบบอำเภอในปี 1878 พื้นที่นี้ได้อยู่ภายใต้การควบคุมของอำเภอยูรูงิ (ญี่ปุ่น: 淘綾郡 โรมาจิ: Yurugi-gun) ต่อมาในเดือนเมษายน 1889 หมู่บ้านนิโนมิยะได้รวมเข้ากับหมู่บ้านใกล้เคียง 4 หมู่บ้านเพื่อก่อตั้งหมู่บ้านอาซูมะ และในวันที่ 26 มีนาคม 1896 อำเภอยูรูงิได้กลายเป็นส่วนหนึ่งของอำเภอนากะ หมู่บ้านอาซูมะได้รับการยกฐานะเป็นเมืองเมื่อวันที่ 3 พฤศจิกายน 1935 และเปลี่ยนชื่อเป็นนิโนมิยะ