นีลส์แห่งออร์ฮูส ประสูติในพระนาม เจ้าชายนีลส์ คนุตเซนแห่งเดนมาร์ก ทรงเป็นพระโอรสนอกสมรสในพระเจ้าคนุตที่ 5 แห่งเดนมาร์ก กับสตรีไม่ปรากฏนาม พระองค์เป็นพระเชษฐาในบิชอปวัลเดมาร์แห่งชเลสวิช เจ้าชายนีลส์ได้รับการตั้งพระนามตามพระปัยกา คือ พระเจ้านีลส์แห่งเดนมาร์ก

เมื่อทรงอยู่ในวัยหนุ่ม เจ้าชายนีลส์ทรงเบื่อหน่ายพระชนม์ชีพในราชสำนักและถอนพระองค์ไปประทับยังหมู่บ้านสคิบบีใกล้เมืองออร์ฮูส[2] พระองค์ทรงสร้างโบสถ์ที่นั้นด้วยกำลังของพระองค์เอง พระองค์ดำรงพระชนม์ดั่งนักบุญและช่วยเหลือผู้คนรอบๆ เมืองออร์ฮูส วันหนึ่งขณะที่พระองค์กับชายสองสามคนจากในเมืองทำการโค่นต้นไม้เพื่อนำมาใช้สร้างโบสถ์อีกแห่งที่วีบี ใกล้ทะเล ชายคนหนึ่งบ่นว่าเขากระหายน้ำ นักบุญนีลส์จึงทรงอธิษฐานขอน้ำ และมีน้ำพุบังเกิดขึ้นช่วยบรรเทาความกระหายของชายคนนั้น เหตุการณ์นี้ถูกเรียกว่า "ฤดูใบไม้ผลิของนักบุญนีลส์" (Hellig Niels' Kilde) ตั้งแต่นั้นมา และบริเวณนั้นกลายเป็นสถานที่แสวงบุญมานานกว่าหลายร้อยปี และมีการปรากฏว่า มีการรักษาความป่วยไข้ของผู้คนให้หายอย่างเป็นปาฏิหาริย์ ณ สถานที่แห่งนั้นซึ่งเกิดขั้นในวันกลางฤดูร้อน ในช่วงที่นักบุญนีลส์กำลังจะมรณภาพใน ค.ศ. 1180 พระองค์ขอให้ฝังร่างของพระองค์ใน "โบสถ์เล็กๆ ริมทะเล" (โบสถ์เซนต์คลีเมนต์) พระองค์ได้รับการฝังพระศพที่สุสานโบสถ์เซนต์คลีเมนต์ ต่อมามหาวิหารออร์ฮูสได้ถูกสร้างขึ้นใกล้กับบริเวณโบสถ์นั้น และกลายเป็นศูนย์รวมจิตวิญญาณของผู้คนในท้องถิ่นผู้เคารพเลื่อมใส นักบุญนีลส์แห่งออร์ฮูส (บางครั้งถูกเรียกว่า นักบุญนิโคลัส)[3][4]