น้ำดีถูกผลิตขึ้นจากเซลล์ตับ (hepatocyte) ซึ่งอยู่ภายในตับ และถูกลำเลียงผ่านออกมาทางท่อน้ำดีตับ (bile duct) ซึ่งแทรกอยู่ภายในตับ ซึ่งระหว่างกระบวนการเหล่านี้ เนื้อเยื่อบุผิวจะหลั่งสารละลายซึ่งประกอบด้วยไบคาร์บอเนตเพื่อเจือจางและเพิ่มความเป็นเบสแก่สารละลาย จากนั้นน้ำดีจะไหลผ่านท่อน้ำดีใหญ่ในตับ (common hepatic duct) ซึ่งจะมาเชื่อมรวมกับท่อถุงน้ำดี (cystic duct) ซึ่งมาจากถุงน้ำดี กลายเป็นท่อน้ำดีใหญ่ (common bile duct) ท่อน้ำดีใหญ่จากนั้นจะไปรวมกับท่อตับอ่อน (pancreatic duct) แล้วเปิดเข้าสู่ลำไส้เล็กส่วนต้น ซึ่งมีหูรูดเรียกว่า สฟิงคเตอร์ ออฟ ออดดี (sphincter of Oddi) หากหูรูดนี้ปิด น้ำดีจะถูกกั้นไม่ให้ไหลเข้าไปยังลำไส้แต่จะไหลเข้าไปในถุงน้ำดี ซึ่งเป็นอวัยวะที่ทำหน้าที่เก็บและทำให้น้ำดีเข้มข้นมากถึง 5 เท่าในระหว่างมื้ออาหาร กระบวนการที่ทำให้น้ำดีเข้มข้นนั้นเกิดขึ้นจากการดูดซึมน้ำและอิเล็กโตรไลท์ขนาดเล็กโดยเซลล์เยื่อบุท่อน้ำดี โดยยังคงเหลือสารชีวโมเลกุลเดิมอยู่ในน้ำดี คอเลสเตอรอลถูกปล่อยออกมากับน้ำดีและละลายในกรดและไขมันที่พบในสารละลายที่เข้มข้นนั้น เมื่อใดก็ตามที่อาหารถูกปล่อยออกมาจากกระเพาะอาหารเข้าสู่ลำไส้เล็กส่วนต้นในรูปของไคม์ (chyme) ถุงน้ำดีจะปล่อยน้ำดีที่เข้มข้นนั้นเพื่อช่วยในการย่อยอาหารให้สมบูรณ์

ตับของมนุษย์สามารถผลิตน้ำดีได้เกือบ 1 ลิตรต่อวัน (ขึ้นกับขนาดร่างกาย) 95% ของเกลือที่หลั่งออกมาในน้ำดีนั้นจะถูกดูดซึมกลับที่ส่วนปลายของลำไส้เล็กส่วนปลาย (terminal ileum) เพื่อนำกลับมาใช้ใหม่ เลือดจากลำไส้เล็กส่วนปลายจะไหลเข้าสู่หลอดเลือดดำพอร์ทัล (hepatic portal vein) และกลับเข้าสู่ตับที่ซึ่งเซลล์ตับดูดซึมเกลือและนำเกลือกลับเข้าท่อน้ำดีเพื่อนำกลับมาใช้ใหม่ กระบวนการนำกลับมาใช้ใหม่นี้อาจเกิดขึ้น 2-3 ครั้งในแต่ละมื้ออาหาร