การปรุงน้ำมะนาว ทำได้โดยคั้นน้ำมะนาวจากผลมะนาวจนได้ปริมาณตามต้องการ จากนั้นผสมน้ำ นำไปตั้งไฟอ่อนๆ เติมน้ำตาลและเกลือจนได้รสตามชอบแล้วเสิร์ฟโดยการตักใส่แก้วพร้อมน้ำแข็ง ถ้าเป็นน้ำมะนาวปั่น สามารถทำได้โดยบีบน้ำมะนาวใส่เครื่องปั่น จากนั้นใส่น้ำแข็ง เติมน้ำเชื่อมและเกลือลงไป และปั่นโดยใช้เวลาประมาณ 30 วินาที จะได้น้ำมะนาวปั่นตามต้องการ ปกติตามร้านอาหารหรือภัตตาคารมักจะเสิร์ฟน้ำมะนาวโดยใส่แก้วใสพร้อมกับมีชิ้นมะนาวหั่นแว่น 1 ชิ้นเหน็บไว้อยู่ที่ปากแก้ว

อนึ่ง น้ำมะนาวที่ได้จากการคั้นสดนั้น ถึงแม้ว่าผู้คนจะไม่นิยมดื่ม แต่ก็สามารถที่จะนำไปใช้ประกอบอาหาร (เช่นส้มตำ, ต้มยำ) ได้