บรัสเซลแอร์ไลน์ถือกำเนิดขึ้นจากการควบรวมกิจการระหว่างเอสเอ็นบรัสเซลแอร์ไลน์ (SNBA) กับเวอร์จินเอ็กซ์เพรส ภายหลังจากการล้มละลายของซาเบนาซึ่งเป็นสายการบินแห่งชาติของเบลเยียมในขณะนั้น โดยได้ตั้งชื่อเป็น บรัสเซลแอร์ไลน์ โดยมีการจัดแถลงข่าวอย่างเป็นทางการในวันที่ 7 พฤศจิกายน ค.ศ. 2006 ณ ท่าอากาศยานนานาชาติบรัสเซล และได้เริ่มทำการบินเมื่อวันที่ 25 มีนาคม ค.ศ. 2007

ต่อมาเมื่อ 15 กันยายน ค.ศ. 2008 ได้มีการประกาศว่าลุฟต์ฮันซาจะเข้ามาเป็นเจ้าของเป็นสัดส่วนถึง 45% โดยมีทางเลือกที่จะซื้อส่วนที่เหลือทั้งหมดอีก 55% ในปีค.ศ. 2011 ซึ่งเงื่อนไขหนึ่งของการเข้าซื้อครั้งนี้รวมถึงการให้สายการบินเป็นสมาชิกของสตาร์อัลไลแอนซ์ โดยตั้งแต่ 26 ตุลาคม ค.ศ. 2008 รหัสเรียกขององค์การการบินพลเรือนระหว่างประเทศได้เปลี่ยนจาก DAT เป็น BEL