เกมนี้นำเสนอในรูปแบบ 3 มิติเต็มรูปแบบ ดังนั้นการควบคุมทิศทางจึงเปลี่ยนไป บอมเบอร์แมนสามารถเดินได้แปดทิศทาง พร้อมด้วยกล้องที่หมุนได้แปดทิศทาง และมีระดับการซูมต่างกันสามระดับ ระเบิดของเขามีผลแตกต่างจากเกมอื่นในซีรีส์ โดยคลื่นระเบิดของระเบิดมีรูปแบบทรงกลม แทนที่จะเป็นรูปกากบาทแบบดั้งเดิม[5]

ในโหมดผู้เล่นเดี่ยวและหลายผู้เล่น บอมเบอร์แมนมีความสามารถในการเตะ, หยิบ และขว้างระเบิดโดยไม่ต้องมีเพาเวอร์-อัปเหมือนในเกมภาคก่อน คุณลักษณะเฉพาะของเกมนี้คือ บอมเบอร์แมนสามารถ "ปั๊ม" ระเบิดในขณะที่ถือไว้ ซึ่งจะทำให้การระเบิดของระเบิดมีพลังมากขึ้น[6] โดยระเบิดที่ปั๊มแล้วไม่สามารถเตะหรือหยิบขึ้นมาได้อีก ส่วนต่างจากเกมแพลตฟอร์มส่วนใหญ่ในยุคนั้น บอมเบอร์แมนกระโดดไม่ได้ และไม่สามารถว่ายน้ำได้ แม้ว่าเขาจะลุยน้ำได้ เนื่องจากบอมเบอร์แมนไม่มีความสามารถในการกระโดด และพื้นที่ที่สูงขึ้นซึ่งไม่มีเส้นทางที่นำไปสู่พื้นที่ต่อไป ผู้เล่นจะต้องไปถึงพื้นที่ต่อไปด้วยการกระดอนข้ามระเบิด ซึ่งโดยปกติแล้วจะต้องมีเพาเวอร์-อัป "ระยะไกล" เพื่อหลีกเลี่ยงไม่ให้ระเบิดตามเวลาปกติระเบิดแต่แรก ทั้งนี้ "การกระโดดด้วยระเบิด" เป็นสิ่งจำเป็นในการสำรวจด่านส่วนใหญ่, ดึงพลังพิเศษบางอย่าง และข้ามสิ่งกีดขวางจำนวนมาก