วันที่ 26 ธันวาคม ค.ศ. 2008 การให้บริการชำระเงินได้ถูกขัดจังหวะชั่วคราว ในวันที่ 31 มกราคม ค.ศ. 2009 ช็อคเวฟเอนเตอร์เทนเมนท์ได้ยกเลิกการให้บริการออนไลน์ ซึ่งได้ส่งผลกระทบต่อบอมเบอร์แมนออนไลน์เจแปน เป็นผลให้ผู้ใช้บริการที่ชำระเงินต่างได้รับเงินคืน[1]

ในวันที่ 27 พฤษภาคม ค.ศ. 2009 เว็บไซต์ทางการของฮัดสันซอฟท์ได้ประกาศว่าการให้บริการจะสิ้นสุดลงในวันที่ 3 มิถุนายน ค.ศ. 2009 และในวันดังกล่าว การให้บริการบอมเบอร์แมนออนไลน์เจแปนก็ได้สิ้นสุดลง[2]