เชซาร์ลงเล่นให้กับทีมชาติครั้งแรกเมื่อวันที่ 12 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 2003 ในนัดกระชับมิตรที่พ่ายแพ้ต่อสวิตเซอร์แลนด์ 5–1[2] ต่อมาในวันที่ 9 ตุลาคม ค.ศ. 2004 เขาทำประตูแรกในนามทีมชาติ ช่วยให้สโลวีเนียเอาชนะอิตาลีในฟุตบอลโลก 2006 รอบคัดเลือก นับเป็นความพ่ายแพ้เพียงนัดเดียวของอิตาลีในรอบคัดเลือกก่อนที่พวกเขาจะคว้าแชมป์ในรอบสุดท้าย ต่อมาในวันที่ 15 พฤศจิกายน ค.ศ. 2014 เขาลงเล่นให้กับทีมชาติเป็นนัดที่ 81 ทำสถิติเป็นผู้เล่นที่ลงเล่นให้กับทีมชาติมากที่สุดแซงหน้าซลัตกอ ซาฮอวิช

ในวันที่ 8 ตุลาคม ค.ศ. 2017 เชซาร์เป็นผู้เล่นชาวสโลวีเนียคนแรกที่ลงเล่นให้กับทีมชาติครบ 100 นัด ในฟุตบอลโลก 2018 รอบคัดเลือก นัดที่เสมอกับสกอตแลนด์ 2–2 อย่างไรก็ตาม เขาได้รับใบแดงจนถูกไล่ออกจากสนาม[3] เขาลงเล่นให้กับทีมชาตินัดสุดท้ายเมื่อวันที่ 27 มีนาคม ค.ศ. 2018 ในนัดที่เปิดบ้านพบกับเบลารุส[4]