มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ จัดการเรียนการสอนในระดับบัณฑิตศึกษาครั้งแรกเมื่อ พ.ศ. 2499 ในหลักสูตรมหาบัณฑิตทางกสิกรรมและสัตวบาล หลังจากนั้น การศึกษาทางบัณฑิตศึกษาก็ขยายตัวเพิ่มขึ้นเรื่อย ๆ จนกระทั่ง วันที่ 10 ตุลาคม พ.ศ. 2509 มหาวิทยาลัยได้จัดตั้ง "บัณฑิตวิทยาลัย" ขึ้น เพื่อรับผิดชอบด้านบัณฑิตศึกษา ต่อมาในปี พ.ศ. 2520 มหาวิทยาลัยได้เปิดสอนในระดับปริญญาเอกเป็นครั้งแรก ได้แก่ หลักสูตรดุษฎีบัณฑิต สาขาปฐพีวิทยา