บัณฑูร ล่ำซำเกิดเมื่อวันที่ 15 มกราคม 2496 เป็นบุตรของบัญชา และท่านผู้หญิงสำอางวรรณ ล่ำซำ (นามเดิม หม่อมราชวงศ์สำอางวรรณ เทวกุล) ซึ่งเป็นธิดาของพลตรี หม่อมเจ้าปรีดิเทพย์พงษ์ เทวกุล กับหม่อมราชวงศ์สอางค์ ปราโมช มีน้องสาวสองคน บัณฑูร ล่ำซำ เป็นหลานปู่ของโชติ ล่ำซำ ผู้ก่อตั้งธนาคารกสิกรไทยในปี 2488

บัณฑูร ล่ำซำ สำเร็จการศึกษาระดับประถมศึกษาจากโรงเรียนเซนต์คาเบรียล โรงเรียนสาธิตมหาวิทยาลัยศรีนครินทรวิโรฒ ประสานมิตร และ Phillip Exeter Academy สหรัฐอเมริกา ระดับปริญญาตรี สาขาวิชาวิศวกรรมเคมี (BA in Chemical Engineering) จากมหาวิทยาลัยพรินซ์ตัน และระดับปริญญาโท คณะบริหารธุรกิจ (MBA) จากมหาวิทยาลัยฮาร์วาร์ด สหรัฐอเมริกา

หลังจบการศึกษา บัณฑูร ล่ำซำ เข้ารับราชการทหารประจำกองบัญชาการทหารสูงสุด กระทรวงกลาโหม เป็นเวลา 2 ปี ก่อนที่จะเข้าทำงานที่ฝ่ายกิจการต่างประเทศ ธนาคารกสิกรไทย ในปี 2522 โดยได้รับการแต่งตั้งเป็นผู้อำนวยการฝ่ายกิจการต่างประเทศในปี 2529 จากนั้นได้ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการฝ่ายอาวุโส ฝ่ายบริการธนาคารในปี 2530 ดำรงตำแหน่งผู้ช่วยกรรมการผู้จัดการ ธนาคารกสิกรไทย ในปี 2533 ดำรงตำแหน่งรองกรรมการผู้จัดการ ธนาคารกสิกรไทย ในปี 2534 และดำรงตำแหน่งกรรมการผู้จัดการ ธนาคารกสิกรไทย ในปี 2535

ในปี 2537 ก่อนเกิดวิกฤติเศรษฐกิจ (วิกฤติต้มยำกุ้ง) ในปี 2540 บัณฑูร ล่ำซำ เป็นบุคคลแรกที่ริเริ่มนำการรื้อปรับกระบวนการทำงาน (Reengineering) มาใช้ในธุรกิจการเงินและเป็นองค์กรแรกของประเทศไทย

บัณฑูร ล่ำซำ ดำรงตำแหน่งประธานเจ้าหน้าที่บริหารและกรรมการผู้จัดการ ธนาคารกสิกรไทย ในปี 2545 และในปีถัดมาได้ปรับภาพลักษณ์องค์กรครั้งใหญ่ โดยเปลี่ยนชื่อภาษาอังกฤษของธนาคารจาก Thai Farmers Bank เป็น KASIKORNBANK เปลี่ยนตราสัญญลักษณ์ของธนาคารและปรับรูปแบบการเขียนตัวอักษร K โดยใช้พู่กันจีน ในปี 2553 เมื่อ ดร.ประสาร ไตรรัตน์วรกุล ลาออกจากตำแหน่งกรรมการผู้จัดการ ธนาคารกสิกรไทย เพื่อไปดำรงตำแหน่งผู้ว่าการธนาคารแห่งประเทศไทย บัณฑูร จึงเข้าดำรงตำแหน่งประธานเจ้าหน้าที่บริหารและกรรมการผู้จัดการ และปรับโครงสร้างการบริหารของธนาคารกสิกรไทยเป็น 4 ภูมิ (Domain) มีผู้ประสานงานภูมิ (Domain Coordinators) 4 คน ได้แก่ Business Domain, Risk Domain, Infrastructure Domain, และ Resource Domain

บัณฑูร ล่ำซำ ได้ขอลาออกจากตำแหน่งกรรมการและประธานกรรมการ ธนาคารกสิกรไทย ต่อคณะกรรมการธนาคาร โดยมีผลตั้งแต่วันที่ 3 เมษายน 2563[2]

ในปี 2556 บัณฑูรได้เปิดตัวผลงานนิยายรักโรแมนติกที่เสมือนรวบรวมอัตชีวประวัติของตนเองชื่อ สิเนหามนตาแห่งลานนา เป็นเรื่องราวที่เกี่ยวข้องกับประวัติศาสตร์และตำนานจังหวัดน่าน ซึ่งเขาใช้เวลาว่างในการเขียนและศึกษาค้นคว้าข้อมูลเป็นระยะเวลาร่วม 1 ปี 1 เดือน โดยทำยอดจัดพิมพ์ 3 ครั้งในช่วง 2 เดือนแรกที่ 20,000 เล่ม

บัณฑูร ล่ำซำ มีกิจกรรมยามว่างคือ เล่นดนตรีไทย เล่นแซกโซโฟน พายเรือแคนูที่แม่น้ำเจ้าพระยาในยามเย็น ที่บริเวณข้างสำนักงานใหญ่ ธนาคารกสิกรไทย