หลังจากที่จักรวรรดิโรมันเสื่อมโทรมลง ยุโรปก็เข้าสู่สมัยของการโยกย้ายและการตั้งถิ่นฐานของชนกลุ่มต่าง ๆ ที่รวมทั้งชนเจอร์มานิค บริเวณนี้ก็ไปรวมอยู่ในมุขมณฑลบัมแบร์คและกลายมาเป็นที่ตั้งถิ่นฐานของผู้คนส่วนใหญ่ที่เป็นชาวสลาฟ

ชื่อเมืองบัมแบร์คที่กล่าวถึงเป็นครั้งแรกในปี ค.ศ. 902 เจริญขึ้นใกล้ ๆ ปราสาทบาเบนเบิร์ค (Babenberch) ที่แผลงมาเป็นชื่อของตระกูลบาเบินแบร์ค หลังจากตระกูลบาเบินแบร์คสิ้นสุดลง บัมแบร์คก็ตกไปเป็นของตระกูลชาวซัคเซิน แคว้นนี้มาเปลี่ยนไปนับถือศาสนาคริสต์โดยการเผยแพร่ศาสนาของนักพรตคณะเบเนดิกตินจากอารามฟุลดา บัมแบร์คขณะนั้นเป็นส่วนหนึ่งของมุขมณฑลเวือทซ์บวร์ค

ในปี ค.ศ. 1007 จักรพรรดิไฮน์ริชที่ 2 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ ก็ทรงย้ายมาตั้งราชสำนักที่บัมแบร์คและทรงก่อตั้งให้เป็นมุขมณฑลอิสระจากมุชมณฑลเวือทซ์บวร์ค เพื่อเป็นการริดอำนาจของมุขมณฑลเวือทซ์บวร์คลงบ้าง และยังเป็นการสร้างฐานในการเผยแพร่ศาสนาคริสต์ให้ไกลยิ่งขึ้นไปในบริเวณทางตะวันออกของบัมแบร์ค ในปี ค.ศ. 1008 หลังจากการเจรจาต่อรองกับทั้งมุขนายกแห่งเวือทซ์บวร์คและไอคชเสตทท์ผู้ต้องเสียดินแดนบางส่วนให้กับมุขมณฑลใหม่

หลังจากการกำหนดอาณาเขตของมุขมณฑลใหม่ได้แล้วสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์นที่ 8 ก็พระราชทานพระราชานุมัติในปีเดียวกัน จักรพรรดิไฮน์ริชที่ 2 ก็ทรงจัดให้มีการก่อสร้างอาสนวิหารบัมแบร์คที่ได้รับการสถาปนาเมื่อวันที่ 6 พฤษภาคม ค.ศ. 1012 อาสนวิหารได้รับของขวัญต่าง ๆ จากสมเด็จพระสันตะปาปา

ในปี ค.ศ. 1017 จักรพรรดิไฮน์ริชที่ 2 ก็ทรงก่อตั้งอารามคณะเบเนดิกตินชื่ออารามนักบุญมีคาเอล บน “ไมเคิลสแบร์ก” (Michaelsberg--เนินไมเคิล) เพื่อเป็นสถานที่สำหรับฝึกหัดนักพรต จักรพรรดิและจักรพรรดินีคูนีกุนเดอแห่งลักเซมเบิร์ก (Cunigunde of Luxemburg) ทรงอุทิศพระราชทรัพย์เป็นจำนวนมากให้แก่มุขมณฑลใหม่และทรงมอบอภิสิทธิ์ต่าง ๆ ซึ่งทำให้เป็นการเพิ่มอำนาจการปกครองทางอาณาจักรให้แก่มุขนายกนอกไปจากอำนาจทางคริสตจักรที่มีอยู่ เมื่อสมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 8 ประพาสบัมแบร์คในปี ค.ศ. 1020 พระองค์ก็ทรงยกให้บัมแบร์คเป็นมุขมณฑลที่ขึ้นตรงต่อสันตะสำนัก ฉะนั้นบัมแบร์คจึงกลายเป็นศูนย์กลางของจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์อยู่ชั่วระยะหนึ่ง ร่างของจักรพรรดิไฮน์ริชที่ 2 และจักรพรรดินีคูนีกุนเดอยังคงฝังอยู่ที่อาสนวิหารที่มีอนุสาวรีย์ตั้งเด่นอยู่กลางโบสถ์

ตั้งแต่กลางคริสต์ศวคคษที่ 13 เป็นต้นมา มุขนายกแห่งบัมแบร์คก็ได้ยศเป็น "เจ้าชายมุขนายก" แห่งจักรวรรดิโรมันอันศักดิ์สิทธิ์ มีหน้าที่ปกครองเมืองบัมแบร์คที่รวมทั้งการดูแลการก่อสร้างขนาดใหญ่ต่าง ๆ ระหว่างปี ค.ศ. 1248 ถึงปี ค.ศ. 1260 มุขมณฑลก็ได้ที่ดินของเคานต์แห่งเมรันส่วนหนึ่งเป็นการซื้อขายแต่ส่วนหนึ่งเป็นการเวนคืนเพราะตระกูลที่ปกครองบริเวณนั้นมาสิ้นสุดลง ราชรัฐมุขนายกบัมแบร์คเดิมประกอบด้วยดินแดนที่ติดต่อกัน (บางรัฐไม่ติดต่อ) ตั้งแต่ชลึสเซลเฟลด์ (Schlüsselfeld) ไปจนถึงทางตะวันออกเฉียงเหนือทางป่าฟรังโกเนีย และยังเป็นเจ้าของดัชชีที่รวมทั้งดัชชีคารินเทียและซาลซ์บูร์ก ในนอร์ดเกา (ปัจจุบันคือโอเบิร์พฟัลทซ์) ในรัฐทือริงเงิน และบนฝั่งแม่น้ำดานูบ แต่หลังจากการปฏิรูปศาสนามุขมณฑลบัมแบร์คก็ลดลงเหลือเพียงครึ่งหนึ่งของที่มีอยู่