การก่อตั้งดัชชีเป็นผลมาจากการเสด็จสวรรคตของลุดวิกที่ 4 เดอะบาวาเรียน ในสนธิสัญญาลันทซ์ฮูทของปี ค.ศ. 1349 ที่เป็นการแบ่งจักรวรรดิของลุดวิก พระราชโอรสสามพระองค์ อันได้แก่ สเตฟานที่ 2, วิลเฮล์มที่ 1 และอัลเบร็คที่ 1 เป็นผู้ได้รับบาวาเรียใต้และเนเธอร์แลนด์ร่วมกัน สี่ปีต่อมามรดกก็ถูกแบ่งอีกในสนธิสัญญาเรเกนสบูร์กของปี ค.ศ. 1353 สเตฟานได้รับอาณาจักรใหม่ดัชชีแห่งบาวาเรีย-ลันทซ์ฮูท ในปี ค.ศ. 1363 สเตฟานก็ได้เป็นดยุคแห่งบาวาเรียเหนือซึ่งทำให้กลับมารวมกับบาวาเรีย-ลันทซ์ฮูท หลังจากการเสียชีวิตของสเตฟานลูกชายสามคนก็ปกครองอาณาจักรร่วมกัน แต่ในปี ค.ศ. 1392 บาวาเรีย-ลันทซ์ฮูทก็แบ่งเป็นสามอาณาจักรที่รวมทั้ง บาวาเรีย-มิวนิก และ บาวาเรีย-อิงโกลชตัดท์

ในปี ค.ศ. 1429 บางส่วนของบาวาเรีย-ชเตราบิงก็มารวมกับบาวาเรีย-ลันทซ์ฮูท และ บาวาเรีย-อิงโกลชตัดท์ ในปี ค.ศ. 1447 บาวาเรีย-ลันทซ์ฮูทจึงเป็นดินแดนที่มั่งคั่งที่สุดในบาวาเรีย โดยเฉพาะเมื่อมีเหมืองในรัทเทนแบร์ก (Rattenberg) และ คิทซ์บือเฮิล (Kitzbühel) และมีระบบการบริหารที่ก้าวหน้าที่สุด ที่พำนักของดยุคตั้งอยู่ที่ปราสาทเทราสนิทซ์ (Trausnitz Castle) ในลันทซ์ฮูท ที่พำนักที่สองอยู่ที่ปราสาทบูร์กเฮาเซิน (Burghausen Castle)

ดัชชีรุ่งเรืองอยู่ 150 ปีก่อนที่จะมาถูกแบ่งในปี ค.ศ. 1505 ระหว่างดัชชีที่ก่อตั้งขึ้นใหม่พาลาติเนท-นอยบูร์ก (Palatinate-Neuburg) และ บาวาเรีย-มิวนิกหลังจากสงครามสืบอาณาจักรลันทซ์ฮูท (Landshut War of Succession) คุฟชไตน์ และ คิทซ์บือเฮิลเสียแก่สมเด็จพระจักรพรรดิแม็กซิมิเลียนที่ 1 แห่งโรมันอันศักดิ์สิทธิ์เป็นการตอบแทนในการสนับสนุนบาวาเรีย-มิวนิก ที่กลับไปรวมกับไทโรล