บาวเซอร์ จูเนียร์ปรากฎตัวครั้งแรกในเกมซูเปอร์มาริโอซันไชน์ โดยเขาได้ทำลายวันพักผ่อนของมาริโอโดยการทาสีทั้งเกาะไอล์ เดลฟิโน และปลอมตัวเป็นมาริโอแล้วลักพาตัวเจ้าหญิงพีช[2]หลังจากที่พ่อได้หลอกเขาว่าเจ้าหญิงพืชคือแม่ของเขา[3] แล้วหลังจากนั้นเขาจึงรู้ว่าเธอไม่ใช่แม่ของเขา[4] แต่ยังคงต้องการแก้แค้นมาริโอ[5]บาวเซอร์ จูเนียร์ได้ปรากฎตัวกับพ่อของเขาในโฆษณา นินเทนโดสวิทช์ แพเรนทัล คอนโทรล แอป