คลินตันได้ชัยชนะอีกครั้งในการเลือกตั้ง ค.ศ. 1996 ต่อสมาชิกวุฒิสภาบ็อบ โดล จากพรรครีพับลิกัน

เหตุการณ์สำคัญในการดำรงตำแหน่งวาระที่สอง คือ คลินตันถูกอิมพีชเมนต์ ในฐานะประธานาธิบดีแห่งสหรัฐอเมริกา เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม ค.ศ. 1998 โดยวุฒิสภา (House of Senate) ในหลายเรื่อง ซึ่งรวมถึงความสัมพันธ์ทางเพศกับ โมนิก้า ลูวินสกี้ นักศึกษาฝึกงานในทำเนียบขาว เขาเป็นประธานาธิบดีคนที่สองที่ถูกอิมพีชเมนต์ต่อจากประธานาธิบดี แอนดรูว์ จอห์นสัน

ผู้นำในการสืบสวนคืออัยการอิสระ นายเคนเนธ สตาร์ (Kenneth Starr) การไต่สวนของวุฒิสภาดำเนินไปใน ค.ศ. 1999 ซึ่งต้องใช้เสียง 2 ใน 3 ในการถอดถอนประธานาธิบดี ซึ่งเสียงโหวตของวุฒิสภาไม่ถึงที่กำหนด

ก่อนจะหมดวาระประธานาธิบดีสมัยที่สอง คลินตันได้ตกลงกับศาลในการยุติการสืบสวน ซึ่งแลกกับการถอนใบอนุญาตทางกฎหมายเป็นเวลา 5 ปี