ไบฟีกา

บือร์นาร์ดู ซิลวา เริ่มต้นอาชีพโดยการเป็นนักเตะเยาวชนของไบฟีกา ลงเล่นให้ทีมไบฟีกา เบ ในซึกุงดาลีกา ฤดูกาล 2013–2014 พบกับตรูเฟ็งซือในวันที่ 10 สิงหาคม 2013

ในวันที่ 19 ตุลาคม ค.ศ. 2013 ซิลวาลงเล่นเป็นเกมแรกให้กับไบฟีกาขณะมีอายุ 19 ปี ในรายการตาซาดึปูร์ตูกัล ฤดูกาล 2013–2014 รอบที่สาม ชนะกลูบือดึชปูร์ตีวูดึซิงไฟช์ โดยลงเล่นในนาทีที่ 80 และด้วยฟอร์มที่ยอดเยี่ยมกับไบฟีกา เบ ในซึกุงดาลีกา ฤดูกาล 2013–2014 ทำให้เขาได้รับรางวัลผู้เล่นดาวรุ่งแห่งปีในซึกุงดาลีกา ซิลวาเป็นผู้เล่นของไบฟีกาในปีที่ทีมเป็นผู้ชนะเลิศในปรีไมราลีกา ฤดูกาล 2013–2014

มอนาโก

ฤดูกาล 2014–2015

วันที่ 7 สิงหาคม ค.ศ. 2014 ซิลวาเข้าร่วมทีมมอนาโกในลีกเอิงด้วยสัญญายืมตัว 1 ฤดูกาล ซิลวาลงเล่นนัดแรกให้มอนาโกเมื่อวันที่ 17 สิงหาคม นัดบุกเยือนบอร์โด โดยเปลี่ยนตัวลงไปแทนลูกัส โอกัมโปส ในครึ่งหลัง

วันที่ 21 กันยายน ซิลวาทำประตูแรกให้กับมอนาโก ในลีกเอิง โดยเอาชนะแก็งก็อง 1–0

วันที่ 14 ธันวาคม ซิลวาทำประตูให้มอนาโกชนะมาร์แซย์ 1–0

วันที่ 20 มกราคม ค.ศ. 2015 ไบฟีกาประกาศว่ามอนาโกได้ทำสัญญาอย่างเป็นทางการกับซิลวา มีระยะสัญญาถึง 30 มิถุนายน ค.ศ. 2019

วันที่ 10 เมษายน ค.ศ. 2015 ซิลวายิง 2 ประตู ให้ทีมมอนาโกชนะก็อง 3–0

ฤดูกาล 2015–2016

วันที่ 10 สิงหาคม ค.ศ. 2015 ซิลวาต่อสัญญาเพิ่มกับมอนาโก สัญญาจะสิ้นสุดในเดือนมิถุนายน ค.ศ. 2020

ฤดูกาล 2016–2017

ในรายการยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก ฤดูกาล 2016–2017 รอบแบ่งกลุ่ม นัดบุกไปเยือนซีเอสเคเอ มอสโก ในวันที่ 18 ตุลาคม ค.ศ. 2016 ซิลวาทำประตูในนาทีที่ 87 ทำให้เสมอกันไป 1–1 เมื่อจบเกม

วันที่ 15 มกราคม ค.ศ. 2017 ซิลวายิง 2 ประตู ช่วยให้มอนาโกบุกชนะมาร์แซย์ 4–1 และช่วยให้มอนาโกกลับมาเกาะกลุ่มหัวตารางของลีกเอิงในสัปดาห์ที่ 5

วันที่ 29 มกราคม ทำประตูในนาทีที่ 92 หลังจากเอดินซอน กาบานี ทำประตูในนาทีที่ 81 เสมอกับปารีแซ็ง-แฌร์แม็งไป 1–1 เมื่อจบเกมที่ปาร์กเดแพร็งส์ ช่วยให้มอนาโกขึ้นไปอยู่อันดับ 1 ของลีก

ซิลวาจบฤดูกาล 2016–2017 โดยทำประตู 8 ครั้ง และจ่ายบอลให้ทำประตู 9 ครั้งในลีกเอิง และทำประตู 11 ครั้งจ่ายบอลให้ทำประตู 12 ครั้งจากการลงสนามทั้งหมด 58 นัด

แมนเชสเตอร์ซิตี

วันที่ 26 พฤษภาคม ค.ศ. 2017 แมนเชสเตอร์ซิตีประกาศว่าซิลวาได้ทำสัญญา 5 ปีกับสโมสร หลังผ่านการตรวจร่างกายกับทีมแพทย์สโมสร การซื้อผู้เล่นครั้งนี้ไม่มีการเปิดเผยค่าตัว แต่คาดกันว่าน่าจะอยู่ที่ประมาณ 50 ล้านยูโร (43.5 ล้านปอนด์)

ซิลวาเข้าร่วมทีมอย่างเป็นทางการในวันที่ 1 กรกฎาคม ค.ศ. 2017 ก่อนเปิดฤดูกาล 2017–2018