นายบุญจง วงศ์ไตรรัตน์ จบชั้นมัธยมศึกษาที่โรงเรียนราชสีมาวิทยาลัย จบการศึกษา ปริญญาตรี นิติศาสตรบัณฑิต มหาวิทยาลัยรามคำแหง ปริญญาโท รัฐประศาสนศาสตรมหาบัณฑิต สถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ นายบุญจงเริ่มต้นชีวิตการเมืองท้องถิ่น โดยเป็น สจ.อำเภอโชคชัย นครราชสีมา ติดต่อกัน 2 สมัย เป็นเวลา 10 ปี จากนั้นขึ้นมาเป็นรองนายกองค์การบริหารส่วนจังหวัดนครราชสีมา และก้าวขึ้นมาเล่นการเมืองระดับชาติในนามของพรรคไทยรักไทย และได้เป็น ส.ส.นครราชสีมา สมัยแรกในปี 2544

จากนั้นนายบุญจงก็ได้รับเลือกตั้งเป็น ส.ส.นครราชสีมา พรรคไทยรักไทย อีกครั้งในปี 2548 จนกระทั่งเป็น ส.ส.นครราชสีมา พรรคพลังประชาชน ในปี 2550

โดยในระหว่างอยู่ร่วมพรรคพลังประชาชน นายบุญจงถือเป็น ส.ส.คนหนึ่งที่มีบทบาทในการคุมมวลชนในพื้นที่ภาคตะวันออกเฉียงเหนือ ไม่ว่าจะเป็น แนวร่วมประชาธิปไตยขับไล่เผด็จการ (นปก.) หรือ คนรักทักษิณไม่เอาเผด็จการ ทำให้สนิทสนมกับ นายเนวิน ชิดชอบ หัวหน้ากลุ่มเพื่อนเนวิน ซึ่งมีบทบาทสูงในการสลับขั้วไปตั้งรัฐบาลกับพรรคประชาธิปัตย์

ในการจัดตั้งรัฐบาลของนายอภิสิทธิ์ เวชชาชีวะ นายกรัฐมนตรีและหัวหน้าพรรคประชาธิปัตย์ นายบุญจงได้รับตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทย (มท.2) [3] ในวันที่ 3 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 ได้รับพระราชทานยศ นายกองเอก

และในวันที่ 14 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2552 พรรคภูมิใจไทยได้มีมติให้นายบุญจง ดำรงตำแหน่งรองหัวหน้าพรรค คนที่ 1

ต่อมาในเดือนพฤศจิกายน พ.ศ. 2553 นายบุญจง วงศ์ไตรรัตน์ ได้ลาออกจากตำแหน่งรัฐมนตรี เพื่อลงสมัครรับเลือกตั้งซ่อม หลังจากที่ตุลาการศาลรัฐธรรมนูญมีมติ 7 ต่อ 1 ให้หมดสมาชิกภาพ เนื่องจากถือหุ้นในกิจการต้องห้ามตามรัฐธรรมนูญ มาตรา 265 และมาตรา 48 รวมทั้งได้หุ้นมาหลังจากได้รับเลือกตั้งเป็น ส.ส.[4] และได้รับการโปรดเกล้าฯ ให้ดำรงตำแหน่งรัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงมหาดไทยอีกครั้งเมื่อวันที่ 14 มกราคม พ.ศ. 2554[5]

นายบุญจง ได้รับเลือกตั้งเป็นรองหัวหน้าพรรคภูมิใจไทย เมื่อวันที่ 14 ตุลาคม พ.ศ. 2555[6] ซึ่งก่อนหน้านั้นนายบุญจง เป็นผู้ที่ทำหน้าที่รักษาการหัวหน้าพรรค แทนนายชวรัตน์ ชาญวีรกุล ที่ลาออกจากตำแหน่งหัวหน้าพรรค เมื่อเดือนกันยายน พ.ศ. 2555

ใน พ.ศ. 2561 นายบุญจงได้ย้ายมาร่วมงานกับ พรรคพลังประชารัฐ เขาลงสมัครรับเลือกตั้งในพื้นที่จังหวัดนครราชสีมาในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2562 แต่ไม่ได้รับเลือกตั้ง[7]