ศาสตราจารย์บุญชนะ อัตถากร เริ่มงานสำคัญด้วยการเป็น เลขานุการของพระวรวงศ์เธอ พระองค์เจ้าวิวัฒนไชย ผลงานทางราชการ เคยดำรงตำแหน่งอธิบดีกรมศุลกากร รองเลขาธิการสภาพัฒนาการเศรษฐกิจแห่งชาติ อธิบดีกรมวิเทศสหการ เอกอัครราชทูตไทยประจำสหรัฐอเมริกา มีผลงานด้านการศึกษา โดยเป็นอาจารย์คณะรัฐศาสตร์ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ดำรงตำแหน่งอธิการบดีคนแรกของสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ศาสตราจารย์พิเศษศูนย์คอมพิวเตอร์ จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย นายกสภาสถาบันบัณฑิตพัฒนบริหารศาสตร์ ตำแหน่งทางการเมืองเคยดำรงตำแหน่งรองประธานสภานิติบัญญัติแห่งชาติ รัฐมนตรีช่วยว่าการกระทรวงพัฒนาการแห่งชาติ[2] และ รัฐมนตรีว่าการกระทรวงเศรษฐการ[3]

ศาสตราจารย์บุญชนะ อัตถากร มีความเชี่ยวชาญด้าน กฎหมาย เศรษฐศาสตร์ การบริหาร และพุทธศาสตร์ มีผลงานทางด้านวิชาการที่พิมพ์เผยแพร่ ทั้งภาษาไทยและภาษาอังกฤษไม่น้อยกว่า 50 หัวเรื่อง ซึ่งปัจจุบันยังมีความทันสมัย และยังเป็นตำราที่ใช้ศึกษา ค้นคว้าอ้างอิงจนถึงปัจจุบัน

เขาเคยได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกสภานิติบัญญัติแห่งชาติ ในปี พ.ศ. 2516[4] และได้รับโปรดเกล้าฯ แต่งตั้งเป็นรองประธานสภานิติบัญญัติแห่งชาติ เมื่อวันที่ 11 ตุลาคม พ.ศ. 2517[5]