บุญส่ง ไข่เกษ เคยเป็นอาจารย์ประจำ และหัวหน้าภาควิชาวิทยาศาสตร์อนามัยสิ่งแวดล้อม คณะสาธารณสุขศาสตร์ มหาวิทยาลัยมหิดล ตั้งแต่ปี พ.ศ. 2515 ถึง พ.ศ. 2537 ดำรงตำแหน่งทางวิชาการเป็นผู้ช่วยศาสตราจารย์ ต่อมาลาออกจากราชการ เข้าทำงานที่บริษัทที่ปรึกษาด้านวิศวกรรมและสิ่งแวดล้อม ในปี พ.ศ. 2537

บุญส่ง ไข่เกษ ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในการเลือกตั้งสมาชิกสภาผู้แทนราษฎรไทยเป็นการทั่วไป พ.ศ. 2544 ในพื้นที่จังหวัดตราด สังกัดพรรคประชาธิปัตย์ และได้รับเลือกตั้งเป็นสมัยแรก ต่อมาในปี พ.ศ. 2549 เขาได้หันมาลงสมัครและได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภาจังหวัดตราด แต่ยังไม่ได้ปฏิบัติหน้าที่ได้เกิดการรัฐประหารในเดือนกันยายนของปีเดียวกัน ต่อมาในปี พ.ศ. 2553 เขาได้รับการสรรหาและเลือกตั้งเป็นสมาชิกสภาที่ปรึกษาเศรษฐกิจและสังคมแห่งชาติ ชุดที่ 3

ต่อมาในปี พ.ศ. 2557 ได้ลงสมัครและได้รับเลือกตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภาจังหวัดตราดอีกครั้งหนึ่ง[2] แต่ปฏิบัติหน้าท่ได้เพียง 22 วัน ก็เกิดรัฐประหารในเดือนพฤษภาคมของปีเดียวกัน

ภายหลังการรัฐประหารในปี พ.ศ. 2557 เขาได้เข้าทำงานเป็นอาจารย์ประจำคณะสาธารณสุขศาสตร์และเทคโนโลยีสุขภาพ วิทยาลัยนครราชสีมา[3] และเขาเป็นที่ปรึกษาด้านวิศวกรรมและสิ่งแวดล้อมทำการศึกษา EIA และ HIA ในโครงการสำคัญหลายโครงการ อาทิ โครงการทางด่วนพิเศษรามอินทรา-วงแหวนรอบนอก โครงการโรงไฟฟ้าพลังความร้อนร่วมระยอง โครงการประตูระบายน้ำปากพนัง โครงการเขื่อนผาจุก โครงการเขื่อนแม่วง โครงการอ่างเก็บน้ำคลองสะตอ[4]

ในปี พ.ศ. 2562 ได้รับแต่งตั้งเป็นสมาชิกวุฒิสภา[5]