บาทหลวงบุญเกิดถูกตัดสินจำคุก 15 ปีในข้อหากบฏภายนอกราชอาณาจักร[2] ที่เรือนจำกลางบางขวาง ในระหว่างนี้ท่านยังคงทำงานแพร่ธรรมแก่นักโทษ จนสามารถโปรดศีลล้างบาปแก่นักโทษได้ถึง 66 คน ต่อมาท่านถูกย้ายไปอยู่แดนผู้ป่วยวัณโรค จนติดวัณโรคและถึงแก่มรณกรรมเมื่อวันที่ 12 มกราคม พ.ศ. 2487 ศพของท่านถูกนำไปฝังไว้ที่วัดบางแพรกซึ่งอยู่ใกล้กับเรือนจำ ต่อมาพระคุณเจ้าเรอเน แปรอส ประมุขมิสซังกรุงเทพฯ ในขณะนั้น ได้ขอนำศพท่านมาฝังที่อาสนวิหารอัสสัมชัญ (ปัจจุบันร่างของท่านถูกนำไปเก็บไว้ที่สักการสถานบุญราศีนิโคลาส บุญเกิด กฤษบำรุง อำเภอสามพราน จังหวัดนครปฐม)

มิสซังโรมันคาทอลิกกรุงเทพฯ ได้ยื่นเรื่องการเป็นมรณสักขีของบาทหลวงบุญเกิดต่อสันตะสำนักในปี พ.ศ. 2535 การสอบสวนดำเนินมาจนถึงวันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2543 บาทหลวงบุญเกิดจึงได้รับการประกาศเป็นบุญราศีโดยสมเด็จพระสันตะปาปาจอห์น ปอลที่ 2 ณ มหาวิหารนักบุญเปโตร นครรัฐวาติกัน กรุงโรม