เอก โอสถหงษ์ นำบูจินกันเข้ามาในประเทศไทยเมื่อประมาณปี พ.ศ. 2542 ตอนนั้นใช้ชื่อกลุ่มฝึกบูจินกัน ประเทศไทย (Bujinkan Thailand Training Group) และได้รับการรับรองจาก ดัก วิลสัน (Doug Wilson) ตำแหน่งชิโดชิ (Shidoshi) หรือผู้ที่ได้รับอนุญาตให้เปิดสอนจากประเทศญี่ปุ่น ซึ่งต่อมาได้ปิดตัวลงไปในปี พ.ศ. 2546 หลังจากนั้นในปี พ.ศ. 2548 เอก โอสถหงษ์ ได้รับตำแหน่งชิโดชิ เดินทางกลับมาจากประเทศญี่ปุ่น ได้นำการฝึกเข้ามาอีกครั้งโดยเปิดใหม่เป็นโรงฝึกบูจินกัน ประเทศไทย (Bujinkan Thailand Dojo)[8] และในปัจจุบันก็ได้มีผู้ที่ได้รับตำแหน่งชิโดชิทั้งชาวไทยและชาวต่างชาติเปิดสอนอยู่ในหลาย ๆ พื้นที่ในประเทศไทย