นายปกรณ์ เคยเป็นนักการเมืองท้องถิ่น ได้รับแต่งตั้งเป็นเทศมนตรีตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538 ถึงปี พ.ศ. 2540 และเป็นนายกเทศมนตรีนครเชียงใหม่ 2 สมัย ในระหว่างปี พ.ศ. 2541 ถึงปี พ.ศ. 2543 เขามีผลงานที่สำคัญคือ การผลักดันถนนคนเดินบริเวณถนนราชดำเนิน[4] จังหวัดเชียงใหม่ ซึ่งเป็นถนนคนเดินสายหลักของจังหวัดเชียงใหม่จนถึงปัจจุบัน จากนั้นได้สมัครเข้าร่วมงานการเมืองกับพรรคชาติพัฒนา แต่ในการเลือกตั้ง พ.ศ. 2544 ได้ลงสมัครรับเลือกตั้งในสังกัดพรรคไทยรักไทย และได้ชัยชนะในการเลือกตั้ง ด้วยคะแนนกว่าสามหมื่นสามพันคะแนน เอาชนะนายสุรพงษ์ โตวิจักษณ์ชัยกุล จากพรรคประชาธิปัตย์ ซึ่งได้คะแนนสองหมื่นห้าพันคะแนนเศษ[5]

ในปี พ.ศ. 2549 นายปกรณ์ เป็นหนึ่งในกรรมการบริหารพรรคไทยรักไทยที่ถูกตัดสิทธิ์ทางการเมืองเป็นเวลา 5 ปี และเข้ามามีบทบาททางการเมืองอีกครั้ง ในปี พ.ศ. 2555 โดยสมัครเป็นสมาชิกพรรคเพื่อไทย ในเดือนพฤษภาคม พ.ศ. 2555 และเป็นนักการเมืองคนหนึ่งที่สื่อมวลชนให้ความสนใจว่าอาจจะเข้ารับตำแหน่งรัฐมนตรี ในรัฐบาลนางสาวยิ่งลักษณ์ ชินวัตร แต่ในที่สุดเขาไม่ได้เข้ารับตำแหน่งแต่อย่างใด[6]