ปปัญจสูทนี มีลักษณะเดียวกับคัมภีร์อรรถกถาอื่นๆ กล่าวคือ ผู้รจนา จะกล่าวถึงเบื้องหลังที่มีการแสดงพระสูตรนั้น มีการอธิบายคำศัพท์สำคัญในพระสูตร และมีการอธิบายเพิ่มเติม ซึ่งรายละเอียดของข้อธรรมซึ่งองค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าทรงแสดงในพระสูตรนั้น ๆ โดยในที่นี้จะมีการแบ่งเนื้อหาโดยสรุปของปปัญจสูทนี ตามลักษณะการแบ่งหมวดหมู่ของมัชฌิมนิกาย ดังนี้

• ปปัญจสูทนี อรรถกามัชฌิมนิกาย หมวดมูลปัณณาสก์

อรรถกถามูลปริยายวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาสีหนาทวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาโอปัมมวรรค (10 สูตร)

อรรถกถามหายมกวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาจูฬยมกวรรค (10 สูตร)

• ปปัญจสูทนี อรรถกามัชฌิมนิกาย หมวดมัชฌิมปัณณาสก์

อรรถกถาคหปติวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาภิกขุวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาปริพพาชกวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาราชวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาพราหมณวรรค (10 สูตร)

• ปปัญจสูทนี อรรถกามัชฌิมนิกาย หมวดอุปริปัณณาสก์

อรรถกถาเทวทหวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาอนุปทวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาสุญญตวรรค (10 สูตร)

อรรถกถาวิภังควรรค (10 สูตร)

อรรถกถาสฬายตนวรรค (10 สูตร)