เมื่อเริ่มต้นคัมภีร์ปรมัตถโชติกา ผู้รจนาได้ทำการกำหนด หรือแจกแจงหัวข้อหรือหัวเรื่องต่าง ๆ ในขุททกปาฐะเสียก่อน โดยแจกแจงตั้งแต่หมวดใหญ่ของพระไตรปิฎกคือพระสุตตันตปิฎก (พระสูตร) ต่อมาพระสุตตันตปิฎกจัดหมวดรองออกเป็น 5 นิกาย กล่าวคือ ทีฆนิกาย มัชฌิมนิกาย สังยุตตนิกาย อังคุตตรนิกาย และขุททกนิกาย ทั้งนี้ ขุททกนิกาย เป็นที่รวมเป็นที่อยู่ของหมวดธรรมเล็ก ๆ จำนวนมาก แบ่งออกเป็น ขุททกปาฐะ ธรรมบท อุทาน อิติวุตตกะ สุตตนิบาต วิมานวัตถุ เปตวัตถุ เถรคาถา เถรีคาถา ชาดก นิทเทส ปฏิสัมภิทา อปทาน พุทธวงศ์ จริยาปิฎก ดังนี้ และในขุททกปาฐะยังแบ่งย่อยออกเป็น 9 ประเภท คือ สรณะ สิกขาบท ทวัตติงสาการ กุมารปัญหา (สามเณรปัญหา) มงคลสูตร รตนสูตร ติโรกุฑฑสูตร นิธิกัณฑสูตร และเมตตสูตร [3]

หลังจากนั้นพระอรรถกถาจารย์หรือพระเถระผู้รจนาได้มีอรรถาธิบายเนื้อความในพระสูตรไปโดยลำดับ โดยมักจะมีการตั้งกระทู้เป็นคำถามสำคัญ ดังนี้ 1. พระสูตร หรือข้อความนี้ใครกล่าว 2. กล่าวที่ไหน 3. กล่าวเมื่อไร 4. กล่าวเพราะเหตุไร ดังนี้ จากนั้นพระคันถรจนาจารย์จะทำการตอบคำถามเป็นข้อๆ พร้อมกับให้อรรถธิบายเพิ่มเติมให้แจ่มแจ้ง พร้อมขยายความด้วยเนื้อหาจากพุทธพจน์จากแหล่งอื่นๆ ที่มีความเกี่ยวเนื่องกัน รวมถึงการวิเคราะห์เนื้อความ และคำศัพท์ที่สอดคล้องกับพุทธพจน์โดยพระอรรถกถาจารย์เอง

ตัวอย่างเช่น มงคลสูตรในขุททกปาฐะ พระเถระผู้รจนาได้ทำการอธิบายมาติกา หรือบทขัด เรื่องเรื่องราวเบื้องหลังอันเป็นเหตุที่พระสัมมาสัมพุทธเจ้าได้ทรงแสดงพระสูตรนี้เสียก่อน จากนั้นได้ทำการตั้งกระทู้ดังนั้ว่า "ข้าพเจ้าจะกล่าววิธีนี้อย่างนี้ว่า คำนี้ผู้ใดกล่าว กล่าวเมื่อใด กล่าวเพราะเหตุไร เนื้อจะพรรณนาความแห่งปาฐะ มี "เอวํ" เป็นต้น ก็จะกล่าวสมุฏฐานที่เกิดมงคลกำหนดมงคลนั้นแล้ว จะชี้แจงความมงคลแห่งมงคลสูตรนั้น" ซึ่งผู้กล่าวคือ สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้า ตรัสไว้ที่วัดเชตวันมหาวิหาร นครสาวัตถี ต่อมาพระอานนท์ ได้กล่าวอีกครั้งในขณะทำมหาสังคายนาครั้งแรก พระสูตรจึงขึ้นต้นว่า "เอวํ เม สุตํ" อันหมายความว่า ข้าพเจ้าได้สดับมาดังนี้ ซึ่งข้าพเจ้าในที่นี้คือพระอานนท์ เป็นต้น นอกจากนี้ พระเถระผู้รจนายังได้ทำการอธิบายมูลรากของคำศัพท์และไวยากรณ์ของศัพท์ที่สำคัญในเนื้อหาของพระสูตร เช่น การอธิบายคำว่า "เอวํ" เป็นต้น [4]