ในสมัยประวัติศาสตร์ มาซิโดเนียเคยตกเป็นเมืองขึ้นของจักรวรรดิโรมัน มาซิโดเนียเป็นชื่อเรียกดินแดนในประวัติศาสตร์ที่มีพื้นที่ครอบคลุมบางส่วนของยูโกสลาเวีย กรีซ และบัลแกเรีย ในระหว่างปี ค.ศ. 1946-1949 เกิดสงครามกลางเมืองภายในกรีซ จึงทำให้นายพลตีโตแห่งยูโกสลาเวียประสบความสำเร็จในการเรียกร้องพื้นที่ส่วนหนึ่งของดินแดนมาซิโดเนียมาอยู่ภายใต้การปกครอง โดยเป็นสาธารณรัฐ 1 ใน 6 สาธารณรัฐของยูโกสลาเวีย

ในปี ค.ศ. 1991 สาธารณรัฐสโลวีเนีย และโครเอเชีย และบอสเนีย-เฮอร์โซโกวีนาได้เคลื่อนไหวแยกตัวเป็นเอกราชจากยูโกสลาเวีย ชาวมาซิโดเนียจึงได้จัดให้มีการลงประชามติเพื่อแยกตัวเป็นเอกราช และได้ประกาศเอกราชจากยูโกสลาเวียเมื่อวันที่ 17 กันยายน ค.ศ. 1991 ซึ่งเป็นการแยกตัวโดยปราศจากการใช้กำลังต่อต้านจากยูโกสลาเวีย ทั้งนี้ อาจเป็นเพราะยูโกสลาเวียกำลังสนับสนุนชาวเซิร์บในการสู้รบในบอสเนีย-เฮอร์โซโกวีนา ประกอบกับในมาซิโดเนียมีประชากรเชื้อสายเซิร์บจำนวนน้อย

ยูโกสลาเวียจึงไม่ต้องการเปิดศึก 2 ด้าน มาซิโดเนียประกาศเอกราชโดยใช้ชื่อประเทศว่า "สาธารณรัฐมาซิโดเนีย" (Republic of Macedonia - ROM) ตามรัฐธรรมนูญ และต่อมาได้สมัครเข้าเป็นสมาชิกองค์การสหประชาชาติภายใต้ชื่อดังกล่าว แต่ได้รับการคัดค้านจากกรีซ โดยให้เหตุผลทางประวัติศาสตร์และดินแดนว่า การใช้ชื่อ Republic of Macedonia เป็นการส่อเจตนารมณ์ที่จะอ้างสิทธิครอบคลุมไปถึงดินแดนมาซิโดเนียส่วนที่อยู่ในกรีซ ในที่สุดคณะมนตรีความมั่นคงแห่งสหประชาชาติได้มีข้อมติที่ 817 (1993) ให้ใช้ชื่อ Former Yugoslav Republic of Macedomia (FYROM) ในการอ้างถึงมาซิโดเนียในสหประชาชาติจนกว่าประเทศทั้งสองจะตกลงกันได้ สหประชาชาติได้มีมติเมื่อวันที่ 8 เมษายน ค.ศ. 1993 ประกาศรับรองมาซิโดเนียเข้าเป็นสมาชิกประเทศที่ 181 นอกจากนี้ มาซิโดเนียยังได้เข้าเป็นสมาชิกองค์การระหว่างประเทศอีกหลายองค์การ เช่น FAO, IAEA, IBRD, ICAO, ILO, IMF, OSCE, UNCTAD, UNESCO, UNIDO, WHO เป็นต้น