บอตสวานามีพื้นที่ 600,370 ตารางกิโลเมตรและใหญ่เป็นอันดับที่ 45 ของโลก (มีขนาดใกล้เคียงกับประเทศมาดากัสการ์) พื้นที่ส่วนใหญ่เป็นที่ราบ และพื้นดินกว่าร้อยละ 70 ถูกครอบคลุมโดยทะเลทรายกาลาฮารี บอตสวานามีโอคาวันโกเดลตาซึ่งเป็นพื้นที่ดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำที่ใหญ่ที่สุดในโลกอยู่ทางตะวันตก และมัคกาดิคกาดี ซึ่งเป็นทะเลสาบเกลือที่ใหญ่ที่สุดในโลกอยู่ทางตอนเหนือ ด้านตะวันออกเฉียงใต้เป็นที่ราบลุ่มแม่น้ำลิมโปโป ซึ่งเป็นภูมิลักษณ์ของพื้นที่ส่วนใหญ่ในแอฟริกาใต้ แม่น้ำโชบีอยู่ทางเหนือของประเทศและเป็นเขตพรมแดนกั้นระหว่างบอตสวานาและนามิเบีย