ในปี พ.ศ. 2173 ดรุกปา ลามะ ลี้ภัยจากทิเบตสู่ภูฏาน ต่อมาได้ตั้งตัวขึ้นเป็น ธรรมราชา ปกครองครองดินแดนด้วยระบบศาสนเทวราช มีคณะรัฐมนตรีช่วย 4 ตำแหน่ง แม้ภูฏานจะพยายามแยกตัวอยู่อย่างโดดเดี่ยว แต่ต่อมาก็ถูกรุกรานจากประเทศเพื่อนบ้านโดยเฉพาะทิเบตอยู่หลายครั้งในช่วงพุทธศตวรรษที่ 22 ถึง 23 ในระยะต่อมาก็ยังถูกรุกรานโดยอังกฤษซึ่งมีอำนาจอยู่ในอินเดียก่อนที่จะได้เจรจาสงบศึกกัน ในปี พ.ศ. 2453