ประเทศมอลโดวาแบ่งเขตการปกครองออกเป็น 32 เขต (districts) 5 เทศบาลนคร (municipalities) (คีชีเนา บัลต์ซี ตีกีนา คอมรัต และตีรัสปอล) 2 เขตกึ่งปกครองตนเอง (semi-autonomous regions) (กาเกาเซียและทรานส์นีสเตรีย - สถานะของเขตนี้ยังเป็นที่ขัดแย้ง) เขตต่าง ๆ ได้แก่

ไม่มีชาติใดยอมรับอำนาจอธิปไตยของทรานส์นีสเตรีย โดยยังถือว่าเป็นส่วนหนึ่งของประเทศมอลโดวาโดยนิตินัย (ตามกฎหมาย) แม้ว่าในความเป็นจริงรัฐบาลมอลโดวาจะไม่ได้ควบคุมดินแดนนี้ก็ตาม