พระเจ้าเอ็ดเวิร์ดที่ 2 แห่งอังกฤษประสูติที่ปราสาทนี้ระหว่างสมัยแรกของการก่อสร้างในปี ค.ศ. 1284

ในการก่อความไม่สงบในปี ค.ศ. 1294–1295 ปราสาทคายร์นาร์วอนถูกยึดโดยมาด็อก อัป ละเวลิน (Madog ap Llywelyn) แต่ถูกยึดคืนในปี ค.ศ. 1295 ในปี ค.ศ. 1403 ถึงปี ค.ศ. 1404 ปราสาทก็สามารถทนต่อการล้มของออไวน์ กลินดูร์ (Owain Glyndŵr) ได้ ระหว่างสงครามการเมืองอังกฤษปราสาทคายร์นาร์วอนใช้เป็นที่มั่นของทหารฝ่ายนิยมกษัตริย์ที่มายอมแพ้ต่อกองทหารฝ่ายรัฐสภาในปี ค.ศ. 1646