ประสาทนางาฮามะ สร้างขึ้นระหว่าง ค.ศ. 1575 - ค.ศ. 1576 โดยฮะชิบะ ฮิเดโยชิ (ต่อมารู้จักกันในชื่อ โทโยโตมิ ฮิเดโยชิ) ในเมืองคูนิโตโมะ หรือนางาฮามะในปัจจุบัน

ในอดีต ฮิเดโยชิเคยปกครองพื้นที่แถบนี้จากปราสาทโอดานิแต่ไม่ค่อยสะดวกเพราะเป็นปราสาทที่ตั้งอยู่บนยอดเขา เมื่อยามาโนอูจิ คาซูโตโยะได้ปกครองดินแดนต่อจากฮิเดโยชิภายหลังยุทธการที่ชิซูกาตาเกะในปี ค.ศ. 1583

ต่อมาเมื่อไนโตะ โนบูนาริเอาชนะคาซูโตโยะได้ในยุทธการที่เซกิงาฮาระในปี ค.ศ. 1600 ก็ได้ขึ้นครองอำนาจแทน และได้สั่งให้รื้อถอนปราสาทไปสร้างเป็นปราสาทฮิโกเนะแทนในปี ค.ศ. 1615[1]