ในปี ค.ศ. 1603 อิอิ นาโอกัตสึ หลานชายของอดีตไดเมียวอิอิ นาโอมาซะสั่งให้สร้างปราสาทฮิโกเนะขึ้น แต่ในความเป็นจริงแล้ว ปราสาทฮิโกเนะถูกสร้างขึ้นครั้งแรกในปี ค.ศ. 1575 เป็นส่วนหนึ่งของปราสาทโอตสึ แต่ต่อมาตระกูลอิอิได้สั่งให้ย้ายไปยังฮิโกเนะ และยังมีส่วนอื่น ๆ ของปราสาทฮิโกเนะที่ย้ายมาจากปราสาทนางาฮามะ[1] ตัวปราสาทฮิโกเนะแล้วเสร็จในปี ค.ศ. 1622 และมีตระกูลนาโอกัตสึเป็นผู้ปกครองซึ่งขึ้นตรงต่อรัฐบาลโชกุนโทกูงาวะ และเมื่อนาโอตาเกะได้เข้ามาปกครองมณฑลโอมิ ปราสาทแห่งนี้ก็เสร็จสมบูรณ์ โดยนำหินมาจากปราสาทซาวายามะ

ในสมัยการปฏิรูปเมจิในปี ค.ศ. 1868 ปราสาทหลายแห่ง สมเด็จพระจักรพรรดิเมจิได้สั่งให้รื้อถอนปราสาทหลายแห่ง แต่สำหรับปราสาทฮิโกเนะนั้นสมเด็จพระจักรพรรดิทรงไม่ต้องการให้รื้อถอน จึงทำให้ปราสาทฮิโกเนะยังคงสภาพดั้งเดิมมาได้จนถึงทุกวันนี้ เป็นหนึ่งในปราสาทที่เก่าแก่ที่สุดของญี่ปุ่นที่ยังคงโครงสร้างเดิมเอาไว้ได้ และกระทรวงศึกษาธิการ วัฒนธรรม กีฬา วิทยาศาสตร์ และเทคโนโลยีของญี่ปุ่นได้ขึ้นทะเบียนเป็นมรดกแห่งชาติเมื่อปี ค.ศ. 1952[2]