ปริญญา นาคฉัตรีย์ เข้ารับราชการเป็นข้าราชการพลเรือนสามัญ สังกัดกระทรวงมหาดไทย ได้รับแต่งตั้งเป็นผู้ว่าราชการจังหวัดนนทบุรี ชุมพร สระบุรี เป็นรองปลัดกระทรวงมหาดไทย อธิบดีกรมที่ดิน กรมการปกครอง กรมการผังเมือง

ต่อมาในปี พ.ศ. 2544 ได้รับแต่งตั้งเป็นกรรมการการเลือกตั้ง (กกต.) ฝ่ายบริหารการเลือกตั้ง จนกระทั่งพ้นจากตำแหน่ง เนื่องจากศาลอาญา มีคำพิพากษาให้ตัดสิทธิการเลือกตั้ง และให้จำคุก