ในปัจจุบันมีการคุ้มครองโดยกฎหมายในระดับนานาชาติ โดยเป็นสัตว์ในบัญชีหมายเลข 2 (Appendix II) ของอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าใกล้สูญพันธุ์ (CITES) โดยห้ามส่งออกหรือนำเข้าโดยปราศจากใบอนุญาต ซึ่งรวมถึงประเทศไทย ตามประกาศกระทรวงทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม[6][7] แม้ปลาฉลามปากเป็ดเป็นปลาที่ใกล้สูญพันธุ์ชนิดหนึ่ง โดยสูญพันธุ์ไปแล้วในพื้นที่ 4 รัฐของสหรัฐอเมริกา เนื่องจากสภาพแวดล้อมที่เปลี่ยนไป และการสร้างเขื่อนขวางกั้นแหล่งน้ำที่ปลาจะว่ายทวนน้ำขึ้นไปวางไข่ ซึ่งการทำบันไดปลาโจนไม่สามารถใช้ได้กับปลาฉลามปากเป็ด อีกทั้งการลักลอบจับด้วยเนื่องจากมูลค่าทางเศรษฐกิจที่สูง ซึ่งเป็นการกระทำที่ผิดกฎหมาย หากปลาไม่สามารถวางไข่ได้ก็จะแก่ตัวลงและตายไปตามอายุขัย[3] แม้ปัจจุบันสามารถเพาะขยายพันธุ์ได้แล้วด้วยวิธีการผสมเทียม[3] และนิยมเลี้ยงเป็นปลาสวยงามด้วย แต่เลี้ยงให้รอดได้ยากมาก เนื่องจากเป็นปลาที่ชอบกระโดด อ่อนไหวง่ายกับการเปลี่ยนแปลงของสภาพน้ำ อีกทั้งระบบเผาผลาญอาหารในร่างกายก็เป็นไปอย่างรวดเร็วด้วย จึงเป็นปลาที่ต้องกินอาหารอยู่แทบตลอดเวลา