ฉลามวาฬมีชื่อเสียงในเดือนเมษายน ปี ค.ศ. 1828 ตามตัวอย่างยาว 4.6 ม.ที่จับได้ด้วยฉมวกในอ่าวเทเบิล ประเทศแอฟริกาใต้ หมอทหารที่ชื่อ แอนดริว สมิท (Andrew Smith) ได้ร่วมกับค่ายทหารของอังกฤษในเคปทาวน์บรรยายและจำแนกฉลามวาฬในปีถัดมา[5] เขาตีพิมพ์ลักษณะรายละเอียดมากขึ้นในปี ค.ศ. 1849 ชื่อ "ฉลามวาฬ" มากจากลักษณะของสัตว์ทะเลที่มีขนาดใหญ่เหมือนวาฬและยังกินอาหารแบบกรอกกินเหมือนกันอีกด้วย

ในความเชื่อในศาสนาของชาวเวียดนาม นับถือปลาฉลามวาฬเป็นเทพเจ้า โดยเรียกว่า "Ca Ong" ซึ่งแปลว่า "ท่านปลา"

ในประเทศเม็กซิโกและละตินอเมริกาส่วนมาก ปลาฉลามวาฬถูกรู้จักกันในชื่อ "pez dama" หรือ "domino" มาจากจุดที่เด่นชัดบนตัวมัน ในประเทศเบลีซ รู้จักกันในนาม "Sapodilla Tom" เพราะมักจะพบปลาฉลามวาฬอย่างสม่ำเสมอ ใกล้กับ Sapodilla Cayes ในกำแพงโขดหินแห่งเบลีซ (Belize Barrier Reef)

ในทวีปแอฟริกา ชื่อของฉลามวาฬถูกเรียกกันหลากหลาย: ประเทศเคนยาเรียกว่า "papa shillingi" มาจากตำนานที่ว่าเทพเจ้าได้ขว้างเหรียญเงินลงไปบนตัวฉลามซึ่งได้กลายเป็นจุดของมันในปัจจุบัน ประเทศมาดากัสการ์เรียกว่า "marokintana" หมายถึง "ดาวหลายดวง"

ชาวชวาก็อ้างอิงถึงดวงดาวด้วยเช่นกัน จึงเรียกฉลามวาฬว่า "geger lintang" แปลว่า "มีดาวอยู่บนหลัง" ในประเทศฟิลิปปินส์เรียกว่า "butanding"

ฉลามวาฬ นับเป็นหนึ่งในชนิดของฉลามที่ใกล้สูญพันธุ์แล้วของโลก เนื่องจากถูกจับทำเป็นหูฉลาม[6] และยังไม่เคยมีการพบลูกปลาฉลามวาฬขนาดเล็ก จนกระทั่งเมื่อต้นปี ค.ศ. 2009 จึงมีการค้นพบลูกฉลามวาฬขนาดเล็กความยาว 15 นิ้ว ที่ดอนซอล ในฟิลิปปินส์ และถูกนำเรื่องราวและภาพถ่ายลงในอินเทอร์เน็ตเพื่อการศึกษาต่อไป[7]

ฉลามวาฬ จัดเป็นสัตว์ทะเลขนาดใหญ่ชนิดหนึ่งที่นักดำน้ำต้องการจะพบเห็นตัวและถ่ายรูปมากที่สุด จัดเป็น 1 ใน 5 ผู้ยิ่งใหญ่แห่งท้องทะเล แต่ทว่าไม่ใช่เป็นสัตว์ทะเลที่จะพบเห็นได้ง่าย ๆ แม้กระทั่งนักดำน้ำในทริปเดียวกัน แต่ดำในคนละจุด จุดหนึ่งจะเห็น แต่อีกจุดก็จะไม่เห็น จนเป็นที่กล่าวขานกันในหมู่นักดำน้ำว่า หากใครเคยพบเห็น ก็จะพบตลอด แต่ใครที่ไม่เคยพบ ก็จะไม่พบเลย[8]