ใน พ.ศ. 2564 ฉลามหัวค้อนหยักได้รับการจัดสถานะในระดับ "เสี่ยงขั้นวิกฤติต่อการสูญพันธุ์" โดย IUCN Red List[4] โดยอ้างถึงการทำประมงเกินขนาดและการบริโภค ว่าเป็นสาเหตุหลักที่ทำให้จำนวนประชากรฉลามหัวค้อนหยักลดลง[5] ฉลามหัวค้อนหยักถูกจับมากมีสาเหตุจากขนาดและมีครีบขนาดใหญ่ ซึ่งครีบของมันมี "ปริมาณเส้นหูฉลามสูง"[6]

ความพยายามในการอนุรักษ์ฉลามหัวค้อนหยัก (Sphyrna lewini) ได้แก่

• การใช้ข้อมูลทางพันธุกรรมจากครีบที่ซื้อจากตลาดฮ่องกงเพื่อระบุตำแหน่งที่ถูกจับและติดตามระดับการจับฉลามหัวค้อนหยักในแต่ละน่านน้ำ[7]
• การปกป้องแหล่งอนุบาลตัวอ่อนในธรรมชาติ ฉลามหัวค้อนหยักมักกลับสู่แหล่งกำเนิดเดิมเพื่อขยายพันธุ์ ซึ่งลูกฉลามหัวค้อนหยักจะใช้ชีวิตปีแรกในพื้นที่อนุบาลริมชายฝั่งเหล่านี้ ก่อนที่พวกมันจะออกสู่ทะเลเปิด[8]
• เขตห้ามจับฉลามในพื้นที่เหล่านี้บางแห่ง เช่น คาบสมุทรยูกาตันตะวันตกในช่วงฤดูผสมพันธุ์เพื่อปกป้องฉลามหัวค้อนที่มีอายุน้อย[9]

จากการศึกษาในบางส่วนของมหาสมุทรแอตแลนติกประชากรของพวกเขาลดลงกว่าร้อยละ 95 ในช่วง 30 ปีที่ผ่านมา สาเหตุของการลดลงคือการทำประมงเกินขนาด และความต้องการหูฉลามที่เพิ่มขึ้น นักวิจัยระบุว่าการเพิ่มขึ้นของความต้องการหูฉลามซึ่งเป็นอาหารอันโอชะราคาแพง (เช่น ซุปหูฉลาม) และใน พ.ศ. 2551 ได้เรียกร้องให้มีการห้ามการตัดเฉพาะหูฉลาม (shark finning) ซึ่งเป็นวิธีปฏิบัติในการตัดหูฉลามออกและโยนส่วนที่เหลือของฉลามกลับลงไปในทะเลให้ตาย

ฉลามหัวค้อนชนิดต่าง ๆ เป็นหนึ่งในปลาฉลามที่ถูกจับได้บ่อยที่สุดสำหรับการนำไปบริโภคครีบ (หูฉลาม)[10] เนื่องจาก "ฉลามหัวค้อนมีแนวโน้มรวมตัวกันเป็นฝูงใหญ่ ทำให้การจับเป็นจำนวนมากด้วยเบ็ดราว อวนลอยหน้าดิน และอวนลากทำได้ง่ายขึ้น"[11] ทั่วโลกปลาฉลามหัวค้อนถูกจับปลามากเกินไปเพราะครีบและน้ำมันตับของพวกมัน ในปี 2563 มีการประมาณจำนวนครีบที่ถูกจับตัดถึง 1.3–2.7 ล้านครีบในแต่ละปีจากฉลามหัวค้อนเรียบ (S. zygaena) และปลาฉลามหัวค้อนหยักเพื่อการค้าครีบฉลาม (หูฉลาม)[12]

ในวารสารเนเจอร์ เดือนมกราคม พ.ศ. 2564 ซึ่งศึกษาปลาฉลามและปลากระเบน 31 ชนิดพบว่า จำนวนสายพันธุ์เหล่านี้ที่พบในมหาสมุทรเปิดลดลงร้อยละ 71 ในรอบ 50 ปี ซึ่งปลาฉลามหัวค้อนหยักถูกรวมอยู่ในการศึกษา[13][14]