ตามอนุสัญญาว่าด้วยการค้าระหว่างประเทศซึ่งชนิดสัตว์ป่าและพืชป่าใกล้สูญพันธุ์ ปลาซีลาแคนท์ถูกจัดอยู่ในบัญชีที่ 1 เมื่อ ค.ศ. 1989 ในสนธิ สัญญาการค้าระหว่างประเทศรวมถึงการส่งตัวอย่างไปยังพิพิธภัณฑ์ต้องได้รับการอนุญาต ในปี ค.ศ. 1998 ประชากรปลาซีลาแคนท์มหาสมุทรอินเดียตะวันตกคาดว่าเหลืออยู่ราว 500 ตัวหรือน้อยกว่านั้นซึ่งถือเป็นการคุกคามการคงอยู่ของปลาชนิดนี้เป็นอย่างมาก[1] IUCN ได้จัดให้ L. chalumniae อยู่ในสภาวะถูกคุกคามถึงขั้นวิกฤติ (CR) และ L. menadoensis อยู่ในสภาวะเสี่ยงต่อการสูญพันธุ์ (VU)[2][3]