มีการพัฒนาสายพันธุ์ปลาทองมีไม่ต่ำกว่า 100 สายพันธุ์ ซึ่งบางสายพันธุ์จนถึงปัจจุบันก็ได้หายสาบสูญไปตามกาลเวลาก็มี โดยสายพันธุ์แรกที่มีการเลี้ยงคือ ฮิฟุนะ ซึ่งมีรูปร่างเหมือนปลาทองดั้งเดิมในธรรมชาติ แต่ว่ามีสีทอง ต่อมาก็ถูกพัฒนาจนกลายเป็นปลาทองที่มีหาง 3 แฉก เรียกว่า วากิ้น และจากวาคิ้นก็ถูกพัฒนาจนกลายมาเป็นปลาทองหาง 4 แฉก คือ จิกิ้น จนในที่สุดก็กลายมาเป็นริวกิ้นในที่สุด

นอกจากนี้แล้วสายพันธุ์ที่เรียกว่า มารุโกะ ก็เป็นบรรพบุรุษของปลาทองสายพันธุ์หัวสิงห์ต่าง ๆ และสายพันธุ์เดเมกิ้น ก็เป็นบรรพบุรุษของปลาทองสายพันธุ์ตาโปนต่าง ๆ

ปลาทองสามารถแบ่งออกตามลักษณะลำตัวได้เป็น 2 ประเภทใหญ่ ๆ คือ

1.กลุ่มที่มีลำตัวแบนยาว

มีลำตัวแบนข้าง และมีครีบหางเดี่ยว ยกเว้นวากิ้นซึ่งมีครีบหางคู่ ปลาในกลุ่มนี้มักจะว่ายน้ำได้รวดเร็ว ปราดเปรียว ทนทานต่อโรคต่าง ๆ และเจริญเติบโตได้เร็วกว่า ปลาทองที่จัดอยู่ในกลุ่มนี้ได้แก่ ฟุนะ, ฮิบุนะ, โคเมท, ชูบุงกิ้น, วากิ้น, วาโตไน เป็นต้น

2.กลุ่มที่มีลำตัวกลมหรือรูปไข่

ถือเป็นกลุ่มที่มีจำนวนสายพันธุ์หลากหลายมากที่สุด ซึ่งเป็นกลุ่มที่ว่ายน้ำได้ไม่ดี อาจจะว่ายหัวตก มีลักษณะสำคัญที่ครีบ หัวและนัยน์ตาที่แตกต่างหลากหลายกัน โดยแบ่งออกได้เป็น 2 กลุ่ม คือ กลุ่มที่มีครีบหลัง ได้แก่ ริวกิ้น, ออรันดา, เกล็ดแก้ว, ลักเล่ห์ แพนด้า, เดเมกิ้น, โทะซะกิน เป็นต้น กับ กลุ่มที่ไม่มีครีบหลัง ได้แก่ สิงห์จีน, สิงห์ญี่ปุ่น, สิงห์ดำตามิด, รันชู, ลูกโป่ง, ตากลับ เป็นต้น[2]