ปวยร์โตรีโกไม่มีหน่วยการปกครองลำดับแรกที่กำหนดโดยรัฐบาลสหรัฐฯ แต่มี เทศบาล (municipios) 78 แห่งเป็นหน่วยการปกครองลำดับรอง (เกาะโมนาไม่มีฐานะเป็นเทศบาล แต่เป็นส่วนหนึ่งของเทศบาลมายาเกวซ) เทศบาลของปวยร์โตรีโกแบ่งย่อยออกเป็น เขต (barrios) และ แขวง (sectores) แต่ละแห่งมีนายกเทศมนตรีและสภาเทศบาลซึ่งมีการเลือกตั้งใหม่ทุก ๆ 4 ปี

เทศบาลแห่งแรก (เดิมเรียกว่า "เมือง") ของปวยร์โตรีโกคือเทศบาลซานฮวน จัดตั้งขึ้นในปี 1521 ต่อมาในคริสต์ศตวรรษที่ 16 ก็ได้ตั้งเทศบาลใหม่ขึ้น ได้แก่ โกอาโม (1570) และซันเฮร์มัง (1570) จากนั้นเทศบาลอีก 3 แห่งก็ได้รับการจัดตั้งขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 17 ได้แก่ อาเรซีโบ (1614) อากวาดา (1692) และปอนเซ (1692)

การตั้งถิ่นฐานในปวยร์โตรีโกขยายตัวเพิ่มขึ้นในอีก 2 ศตวรรษถัดมา โดยเกิดเทศบาลขึ้นใหม่ 30 แห่งในคริสต์ศตวรรษที่ 18 และอีก 34 แห่งแห่งเกิดขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 19 มีเทศบาลเพียง 6 แห่งที่เพิ่งจัดตั้งขึ้นในคริสต์ศตวรรษที่ 20 โดยเทศบาลแห่งใหม่ที่สุดคือ โฟลรีดา จัดตั้งขึ้นในปี 1971