ปัสโตก่อตั้งขึ้นใน ค.ศ. 1537 โดยเซบัสเตียน เด เบลัลกาซาร์ ผู้พิชิตชาวสเปน ใน ค.ศ. 1539 โลเรนโซ เด อัลดานา ได้ย้ายเมืองไปยังที่ตั้งปัจจุบัน และตั้งใหม่ในชื่อ "ซานฮวนเดปัสโต" โดยมีกวีโด บูเกลี ชาวอิตาลี สนับสนุนการพัฒนาด้านเศรษฐกิจ

ปัสโตเป็นศูนย์กลางการปกครอง วัฒนธรรม และศาสนาของภูมิภาคมาตั้งแต่สมัยอาณานิคม จึงได้ชื่อว่าเป็นเมืองศาสนศาสตร์แห่งโคลอมเบีย ในช่วงสงครามประกาศอิสรภาพกับสเปน ปัสโตเป็นเมืองอนุรักษนิยม และด้วยจุดยืนทางการเมืองนี้และที่ตั้งทางภูมิศาสตร์ หลังจากได้รับเอกราชปัสโตยังคงปลีกออกจากเมืองอื่น ๆ ในประเทศ

ชื่อของปัสโตสามารถสืบย้อนไปถึงคนพื้นเมืองที่อาศัยอยู่ในภูมิภาคนี้ในช่วงที่มีการบุกเบิกของชาวสเปน คือชาวปัสโต อย่างไรก็ตามชาวกิยาซิงกาก็ได้อาศัยอยู่ในหุบเขาอาตริซอยู่แล้ว ในการสำรวจสำมะโนประชากรโคลอมเบีย ค.ศ. 2018 มีผู้คน 163,873 คนที่ระบุตนเองว่าเป็นชาวปัสโต และในการสำรวจสำมะโนประชากรเอกวาดอร์ ค.ศ. 2010 มีผู้คน 1,409 คนที่ระบุตนเองว่าเป็นชาวปัสโต